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AMBER力场

生物学术语

AMBER力场是在生物大分子的模拟计算领域有著广泛应用的一个分子力场。开发这个力场的是Kollman课题组，最初AMBER力场是专门为了计算蛋白质和核酸体系而开发的，计算其力场参数的数据均来自实验值，後来随著AMBER力场的广泛应用，包括Kollman在内的很多课题组对AMBER力场的内容不断进行丰富，逐渐开发出了一个可以用於生物大分子、有机小分子和高分子模拟计算的力场体系。但是总体来讲，AMBER力场的优势在于对生物大分子的计算，其对小分子体系的计算结果常常不能令人满意。

应用
很多主流计算软件包应用了AMBER力场，其中除了Kollman课题组开发的AMBER软件之外，还有Insight II、Sybyl、Cerius2、MOE和HyperChem等。
Leap:用于准备分子系坐标和参数文件，有两个应用程序：
xleap:X-windows版本的leap，带GUI图形界面。
tleap:文本界面的Leap
Antechamber:用于生成少见小分子力学参数文件。
Sander:MD数据产生程序，即MD模拟程序，被称为AMBER的大脑程序。
Ptraj:MD模拟轨迹分析程序。
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