中国藻类学会是研究藻类的协会，自1979年第一次全国藻类学学术讨论以来，坚持每两年举办一次，已举办14次全国学术讨论会。此外，我会或我会会员还承办或参与国际、国内学术会议，在国内外产生广泛的影响。曾呈奎理事长于 年当选为国际藻类学会主席。中国藻类学会已成为国际藻类学研究的重要组成部分。
历史背景
1979年10月被迫停止活动十余年的
中国海洋湖沼学会在武汉市召开恢复庆祝大会暨学会年会。大会期间，饶钦止、曾呈奎等20位藻类学家发起成立藻类学会。10月16日在武汉市洪山宾馆，曾呈奎教授代表发起人宣布中国藻类学会成立，第一次会员大会选举产生第一届理事会。根据中国海洋湖沼学会的授权，藻类学会在组织上属于中国海洋湖沼学会的分学会，但可以以“中国藻类学会”（Chinese Society of Phycology,简称CSP）对外并开展活动。以后，中国海洋湖沼学会登记为法人单位。
近30年来，中国藻类学界加强了同相关学科的合作，除继续深化分类区系，生态、生理和生化，生长、发育、遗传和进化等基础研究外，还拓展了分子生物学，环境生物学和空间生物学等新的研究领域。重视应用藻类学的研究是我国藻类学研究的特色和优良传统。近30年来，中国藻类学界进一步加强同企业界的联系，积极承担国家重大项目，大力发展生物技术等新技术，促进养殖业等传统产业的技术改造，建立螺旋藻等微藻工厂化生产等新产业，积极参与资源开发、环境保护及修复、生物能源的开发，为国民经济的发展、和谐社会的建设做出了新的贡献。
历史沿革
第一届
第一届藻类学会：中国藻类学会的诞生
1979年10月16日，由饶钦止、曾呈奎、黎尚豪、倪达书、周贞英（女）、朱洁然、方宗熙、金德祥、华汝成、梁家骥、毕列爵、韩福山、钱澄宇、刘恬敬、吴超元、张德瑞、张峻甫、纪明侯、郑柏林（女）、胡鸿钧等20位我国著名的藻类学家发起的藻类学工作者组织——中国藻类学会（Chinese Society of Phycology，简称CSP）成立大会在武汉洪山宾馆举行。在近70名到会会员的热烈掌声中，曾呈奎教授代表发起人宣布中国藻类学会成立，并由工作小组主持选举产生了由27人组成的第一届理事会。第一届理事会选举13名常务理事组成常务理事会，并选举曾呈奎为理事长，黎尚豪、朱浩然、方宗熙为副理事长；吴超元为秘书长，俞敏娟、费修绠、张宪孔为副秘书长。理事会一致推举德高望重的饶钦止教授为名誉理事长。学会首次讨论吸纳了新会员共计204名；编选了第一次会员大会论文集，由科学出版社正式出版。
第一次理事会上还讨论决定：
（2）中国藻类学会的理事长原则上从中科院海洋所和中科院水生所这两个研究所交替产生；
（3）学会每两年至少有一次学术会议，每四年召开一次会员代表大会，并进行理事会换届；
（4）学会遵守并沿用
中国海洋湖沼学会的章程，必要时再制定自己的章程。
第二届
第二届藻类学会：在新形势中学会年轻化
中国藻类学会第二届全国会员大会于1985年10月在古城西安召开。大会选举产生了由35人组成的理事会，13名常务理事组成常务理事会；并选举黎尚豪为理事长，纪明侯、韩福山为副理事长；费修绠为秘书长，张宪孔、周显铜为副秘书长。
此次大会的中心议题之一是，如何适应新形势使我们的学会年轻化。大会提出了设立咨询委员会的提案，并获得通过和决定成立。咨询委员会由第一届理事会中任常务理事的朱浩然等11位老一辈藻类学家组成，由学会上届理事长曾呈奎院士任主任委员，不再担任理事，其中空缺由年轻同志填补。大会一致公推本学会的奠基人饶钦止教授、曾呈奎教授为名誉理事长。
会议认为，在服从中国海洋湖沼学会章程的前提下，有必要针对性地制定本学会的章程。在第二届会员大会上制定并仍在沿用的“中国藻类学会章程”中，有两条是应该特别谈到的，即第三章第九条的理事连续任职一般不得超过两届和第11条的咨询委员条款。这两条规定的主要目的都在于，促进理事会自身的年轻化，增加其年轻人的比例，并保持活跃的学术空气。
第三届
第三届藻类学会：创办《中国藻类学会通讯》
1990年初夏，中国藻类学会在南京召开第三届会员大会。大会选举产生了由35人组成的理事会，13名常务理事组成常务理事会；并选举费修绠为理事长，张宪孔、齐雨藻和曾昭琪为副理事长；周百成为秘书长，刘永定和周汉秋为副秘书长。
第三届理事会秘书处从1991年元月开始编辑出版了《中国藻类学会通讯》（不定期内部刊物），寄发学会会员，及时交流情况，报道学术动态，促进学会发展。
第四届
第四届藻类学会：“曾呈奎优秀论文奖”出炉
第四届中国藻类学会会员大会暨学术年会于1995年11月在成都召开。大会选举产生了由37人组成的理事会，15名常务理事组成常务理事会；并选举刘永定为理事长，周百成、吴庆余、张学成、齐雨藻和张宪孔为副理事长；周百成（兼）为秘书长，周汉秋、胡征宇、范晓和李夜光为副秘书长。
此次大会第一次评选以名誉理事长曾呈奎院士的名字命名的“曾呈奎优秀论文奖”。
1997年8月，在哈尔滨召开的第九次学术讨论会上，理事会决定为庆祝我会成立20周年编写《中国藻类学研究》一书。
第五届
第五届藻类学会：放眼过去，立足现 在，展望未来
第五届会员大会暨第十次学术讨论会于1999年11月在浙江省宁波市召开。大会选举产生了由45人组成的理事会，19名常务理事组成常务理事会；并选举范晓为理事长，胡征宇、吴庆余、齐雨藻、张学成和刘志礼为副理事长；秦松为秘书长，宋立荣、王广策、李夜光和周汉秋为副秘书长。
曾呈奎院士和咨询委员毕列爵教授分别作了题为“中国海藻研究的过去、现 在和将来”和“中国淡水藻类的研究”的大会报告，回顾总结了中国藻类学研究的历史和发展过程，特别是全面总结了新中国建立50年来我国藻类学研究所取得的巨大成就，展望了未来的发展趋势。副理事长张宪孔做了“中国藻类学会20年”的大会报告，回顾了中国藻类学会1979年成立到今20年中发生的一系列重大事件，展现了中国藻类学会由小到大，由弱变强的历史进程，会员由70余人发展到的1000多人，可以与发达国家的藻类学业会相媲美。副秘书长胡征宇研究员做了“纪念饶钦止教授诞辰100周年”的大会报告，展现了中国藻类学研究的奠基人之一，中国淡水藻类学研究的一代宗师饶钦止教授光辉灿烂的一生。全体藻类学研究工作者都将永远铭记饶钦止教授对中国藻类学事业做出的卓越贡献，饶老对藻类学事业孜孜以求的精神将永远鼓舞中国藻类学研究工作者勤奋工作，努力进取，为中国藻类学事业的发展做出更大的贡献。
本次学术讨论会上，理事会决定组织我国藻类学专家对1979年出版的《
藻类名词及名称》进行重新编写，以适应藻类学学科发展的需要。
第六届
第六届藻类学会： 70余篇墙报图文并茂地展示我国藻类学研究最新进展
第六届会员大会暨第十二次学术讨论会于2003年11月2-4日在江苏省苏州市举行。大会选举产生了由44人组成的理事会，18名常务理事组成常务理事会；并选举胡征宇为理事长，秦松、刘志礼、吕颂辉、吴庆余、张学成为副理事长；王广策为秘书长，宋立荣、李夜光、李大鹏、周汉秋为副秘书长。
墙报展示是学术交流的方法之一，70余篇墙报是这次学术讨论会的一大亮点，图文并茂地从资源与环境、藻类生物技术、藻类形态分类及生理生化三个方面展示了我国藻类学研究最新进展。
第七届
第七届藻类学会：秉承前统，少说空话多做实事
中国海洋湖沼学会藻类学分会第七届会员大会暨第十四次学术讨论会于2007年8月12-15日在内蒙古自治区呼和浩特市召开。共收到论文摘要339篇，是历次学术讨论会论文摘要最多的一次。其中香港藻类学工作者第一次参加我会的会员大会。大会选举产生了由48人组成的理事会，19名常务理事组成常务理事会；并选举王广策为理事长，宋立荣、吴庆余、吕颂辉、卢山、隋正红任副理事长；丁兰平为秘书长，徐旭东、李夜光、沈颂东为副秘书长，特聘周汉秋同志为副秘书长。
理事会讨论决定编写《中国藻类学研究的发展和展望》一书；筹办“中国藻类学会网页”。
第八届
第八届藻类学会
2011年11月，由中国藻类学会主办、上海海洋大学承办的中国海洋湖沼学会藻类学分会第八次会员大会暨第十六次学术讨论会在上海海洋大学临港新校区召开。本次会议共有来自全国各地70多个高校和科研单位的450名来宾和代表参加，是中国藻类学会成立以来参会人数最多的一次盛会。潘迎捷校长在百忙之际亲临大会开幕式并致了热情洋溢的欢迎辞。本次学术研讨会共收到会议摘要322篇，墙报80多篇，口头报告150个，其中大会报告8个。本次大会选举产生了中国藻类学分会第八届理事会成员。理事会推选中国科学院水生所赵进东院士担任名誉理事长，推选水生所宋立荣研究员为第八届理事会理事长。上海海洋大学周志刚教授被推选为常务理事。
第九届
2015年11月28-30日，中国海洋湖沼学会藻类学分会第九届会员大会暨第十八次讨论会在厦门召开。此次会议共收到论文摘要并口头报告424份，海报226份。会议交流形式分为大会报告、分组报告、专题研讨及海报展示4种形式。此次会议上，藻类学分会进行了理事会换届选举，厦门大学成为中国海洋湖沼学会藻类学分会副理事长单位，厦门大学环境与生态学院黄邦钦教授当选学会副理事长。