农业农村部环境保护科研监测所于1979年经国务院和农业部批准正式建立，是中国从事农业农村环境保护科学研究和监测的专业机构，隶属中国农业科学院管辖。
历史沿革
1970年12月26日，周恩来总理接见农林、卫生、外交等部门主要负责人时作出指示。
1971年8月，原中国农林科学院生物所（原715所，河南洛阳新安县）成立了“防公害”研究组，开始从事防公害研究。在此基础上，1972年成立以防公害为主要任务的第四研究室，1973年更名为农业环保研究室。
1979年3月28日，农业部给国家农委、计委、科委和国务院呈报了“关于调整农业生物研究所方向、任务和建立农业部环境保护科研监测所、全国动物检疫所的请示报告”，该报告4月12日最后经李先念、余秋里批准，即在原中国农科院生物研究所环保室基础上筹建本所，原址在河南省洛阳地区新安县。5月，经国务院批准，商得天津市以津函（1979）3号文同意农业部环境保护科研监测所在天津筹建，并成立建所工作领导小组和基建办公室。5月14日，农业部以（79）农业（科）字第42号文通知，宣布农业部环境保护科研监测所在天津成立，为农业部直属科研单位。
1979年5月14日至1997年4月8日，农业部环境保护科研监测所直属农业部领导。
1997年4月9日起，农业部环境保护科研监测所归中国农业科学院管理。
1983年，设立了农业部农业环境监测中心站。
2013年11月，入选中国农业科学院科技创新工程第二批试点研究所。
2019年3月，更名为农业农村部环境保护科研监测所。
科研条件
人员编制
根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部环境保护科研监测所正式职工131人，包括正高级专家23人（其中二级岗位1人，三级岗位6人），副高级专家55人；离退休职工97人；目前共有博士生导师14名，硕士生导师49名。科技人才包括国务院政府特殊津贴专家2人，国家优秀高层次人才1人，全国农业科研杰出人才2人，农业农村部有突出贡献中青年专家1人、现代农业产业技术体系岗位专家2人，天津市“131”创新型人才团队2个，天津市“131”创新型人才培养工程第一层次人选6人，天津市高层次引进人才1人，天津市青年拔尖人才2人，天津市创新人才推进计划青年科技优秀人才1人，中国农业科学院农科英才领军人才4人，中国农业科学院科研英才培育工程院级入选者1人，中国农业科学院青年英才2人。（以下名单不全）
国务院政府特殊津贴专家：张克强
国家“万人计划”青年拔尖人才：王瑞刚
农业部农业科研杰出人才：张克强
天津市“131”创新型人才第一层次人选：孙约兵、王瑞刚、张克强、王风、修伟明
天津市创新人才推进计划：王风
天津市首批青年拔尖人才：安毅
广东省珠江学者特聘教授：李永涛
广东省高等学校“千百十工程”第六批省级培养对象：李永涛
中国农科院青年英才：孙约兵
中国农业科学院“农科英才”特殊支持人选：孙约兵
科研部门
根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部环境保护科研监测所拥有省部级实验室4个，工程中心2个，部级质检中心2个，省部级野外科学观测站、实验基地及引智基地5个，国际联合实验室3个，国家农业科技创新联盟2个，最高人民法院入册机构1个。
省部级实验室：农业农村部产地环境污染防控重点实验室、国家农业检测基准实验室（农药残留）、农业农村部农产品质量安全环境因子控制重点实验室、农业农村部农产品质量安全环境因子风险评估实验室
省部级工程中心：天津市农田生态与环境修复技术工程中心、天津市规模畜禽养殖场环境污染控制技术工程中心
部级质检中心：农业农村部环境质量监督检验测试中心（天津）、农业农村部植物生态环境监督检验测试中心（天津）
省部级野外科学观测站、实验基地及引智基地：国家农业环境大理观测实验站、中国农业科学院武清转基因生物农田生态系统影响野外科学观测试验站、国家农业科学试验站（湖南湘潭）、国家农业科学试验站（山东庆云）、国家引进国外智力成果示范推广基地“农业面源污染源监测及防控技术”
国际联合实验室：中芬农业环境技术联合实验室、中瑞农业和环境技术联合实验室、中瑞生物多样性与生态农业联合实验室
国家农业科技创新联盟：农产品产地重金属污染综合防控协同创新联盟、乡村环境治理科技创新联盟
最高人民法院入册机构：农业生态环境及农产晶质量安全司法鉴定中心
所属研究中心：农业环境污染修复研究中心、农业环境监测与预警研究中心、生态循环农业研究中心、乡村生态环境研究中心
设备设施
根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部农产品质量安全环境因子控制重点实验室有实验面积2600平米拥有液相色谱-四级杆串联飞行时间质谱仪、气相色谱-四级杆飞行时间质谱联用仪、电感耦合等离子体质谱仪、X射线能谱仪、大型绘图仪、图型工作站等大中型仪器设备50余台（套），拥有Arcgis、 DPS、Isatis、Decision tools等GIS及数据挖掘软件。农业农村部产地环境污染防控重点实验室拥有底本低伽马能谱仪、超高效液相色谱仪/四极杆/飞行时间串联质谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、气/质/质联用仪、液-质联用仪等大型仪器100多台（套）。拥有2300平米智能温室以及网室、样品处理室等实验辅助设施。
科研成就
科研成果
根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部环境保护科研监测所先后承担了国家“863”、“973”、国家科技攻关、国家科技支撑计划项目、国家重点研发专项、国家自然科学基金、农业农村部公益性行业科研专项、省部级科技发展计划项目及自然科学基金等600余项（目前承担在研的国家重点研发专项项目6项），取得成果750余项，其中获国家和省部级奖励110余项，获得国家授权专利210余项。在国内外学术刊物发表论文2000余篇，主编或副主编出版著作90余部。
学术期刊
《
农业环境科学学报》是农业生态环境领域的全国性学术类科技期刊，由农业农村部环境保护科研监测所和
中国农业生态环境保护协会联合主办。为中文核心期刊、中国科学引文数据库核心期刊（CSCD）、中国科技核心期刊、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）来源期刊、美国《化学文摘》（CA）来源期刊、英国《农业与生物科学研究中心》（CABI）来源期刊、美国《剑桥科学文摘（自然科学版）》（CSA（Natural Science））来源期刊、美国《史蒂芬斯数据库》（EBSCO）来源期刊、《日本科学技术振兴集团（中国）数据库》（JST China）来源期刊、美国《乌利希期刊指南（网络版）》（Ulrichsweb）来源期刊。
《
农业资源与环境学报》是由农业农村部主管，农业农村部环境保护科研监测所、中国农业生态环境保护协会联合主办的科技期刊。被评为中国科技核心期刊、天津市优秀期刊；被美国乌利希期刊指南、化学文摘（CA）、国际农业与生物科学中心（CABI）、EBSCO、DOAJ、中国学术文摘数据库核心版（CSAD）等数据库收录。
人才培养
学科建设
根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部环境保护科研监测所拥有2个硕士学位授权二级学科、4个博士学位授权二级学科以及1个硕士专业学位授权领域。已与东北农业大学、沈阳农业大学、华中农业大学、云南农业大学和天津农学院等多所高校签订战略合作协议。
学术学位授权二级学科硕士点：环境科学、环境工程
学术学位授权二级学科博士点：农业生态学、土壤学、植物营养学、农业环境学
专业学位硕士授权领域：资源利用与植物保护
博士后科研工作站：天津市博士后科研工作站
教学建设
根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部环境保护科研监测所有硕士生导师40人，有博士生导师12人。截至2019年10月，研究所已培养4名博士后，其中2名博士后获得“中国农业科学院优秀博士后”称号，3名博士后留所工作。
根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部环境保护科研监测所硕士在中国农业科学院研究生院学习期间（第1年）研究生院每人每月发放1500元基本生活津贴；在研究所学习期间（共2年）每人每月研究所按时发放1200-1800元助研津贴、研究生院发放800元基本生活津贴，共计2000-2600元/月；博士在中国农业科学院研究生院学习期间（半年）研究生院每人每月发放2750元基本生活津贴；在研究所学习期间（共2.5年）每人每月研究所按时发放1800-2700元助研津贴、研究生院发放1750元基本生活津贴，共计3550-4450元/月。优秀推免生奖免三年学费；推免生奖免一年学费；志愿服务西部和基层单位奖1000-3000元/人；研究生学业奖学金（100%全覆盖）硕士研究生8000-9000元/人，博士研究生10000-11000元/人；研究生国家奖学金硕士研究生20000元/人，博士研究生30000元/人。
文化传统
形象标识
农业农村部环境保护科研监测所形象标识为同心圆设计，外环为研究所中文全称及英文简称AEPI，内环为象形图形，是英文简称的变形设计，图形由不规则线条及一个球形组成。
精神文化
所训：创新求是，协和笃行
发展理念：创新、求是、协和、笃行
机构领导
现任领导
历任领导