南阳市水利局是南阳市人民政府的下设机构。
内设机构
（一）办公室
负责机关日常运转工作，承担政务信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化、新闻宣传及意识形态等工作。
(二)行政审批服务科（政策法规与监督科）
负责组织、协调行政审批相关工作；负责行政审批相关接待、咨询、受理、办理结果公布等工作；负责组织行政审批事项执行情况的后续监管；督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况；拟订全市水利法治建设规划并组织实施；承担有关规范性文件起草工作；指导水利行政许可依法行政工作并监督实施；承担机关有关规范性文件合法性审查和清理工作；指导全市水政监察、水行政执法和涉水违法事件查处工作；承担水事纠纷协调工作；组织指导普法教育工作；承担机关行政复议、行政应诉工作。
(三)规划计划与建设科
指导和组织编制、审查、申报水利综合规划、专业规划、专项规划，拟订全市和跨县（区）水中长期供求规划;按规定权限,指导和组织编制审查、申报水利基本建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计，负责审核水利基本建设项目初步设计文件；拟订全市水利固定资产投资计划；组织实施水工程建设项目合规性审查工作；指导协调实施水资源、水生态、水环境、水灾害统筹治理；承担水利统计工作；指导全市水利工程建设，按规定制定水利工程建设有关规章、制度、技术标准和重大事故应急预案并监督实施；指导水利工程建设质量、安全、进度管理工作；负责水利工程质量监督、检查、考核工作;组织实施水利工程质量和安全监督；指导水利行业安全生产工作；指导、监督水利行业从业人员的安全生产教育培训考核工作，负责水利行业安全生产统计分析，依法参加有关事故的调查处理，按照职责分工对事故发生单位落实防范和整改措施的情况进行监督检查；组织实施水利工程建设安全生产监督管理工作；组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，负责病险水库并指导大中型水闸等重要水利工程的除险加固工作；指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。
（四）水资源管理科（南阳市节约用水办公室）
承担最严格水资源管理制度相关工作，负责最严格水资源管理制度考核；组织实施水资源取水许可、水资源论证、用水总量控制等制度，负责水资源有偿使用、水权制度建设工作；指导水量分配并监督实施，组织指导河湖生态流量水量管理、河湖水生态保护与修复、河湖生态水系连通工作；组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护工作；指导水资源监控能力建设和水资源承载能力监测预警机制建设工作；组织编制并发布水资源公报；拟订节约用水政策性措施和制度，组织指导节约用水工作，指导和推动节水型社会建设，组织编制节约用水规划并协调实施，组织实施用水效率控制、计划用水和定额管理制度，承担节约用水考核有关工作；指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。
（五）运行管理科（水旱灾害防御科）
负责水域及其岸线、水利设施的管理、保护和综合利用；指导江河湖库及河口、滩地的开发、治理和保护；组织编制水库运行调度规程，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与确权划界；指导水库、水电站大坝的安全监管;组织开展水库大坝、堤防、水闸安全监测、鉴定及注册登记工作，指导水库养殖工作；组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准，组织编制重要河流和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施;承担水情旱情预警工作负责全市防洪保护区的洪水影响评价工作；组织指导全市水利物资储备与管理，指导水旱灾害防御队伍建设与管理
（六）水土保持科
组织编制水土保持规划并监督实施，承担水土流失综合防治工作，组织水土流失监测、预报并公告，负责生产建设项目水土保持方案审核并监督实施，负责市级水土保持补偿费征收管理工作。
（七）农村水利水电科
组织开展大中型灌排工程建设、改造与管理，指导农村饮水安全工程建设与管理工作，指导节水灌溉有关工作；指导农村水电站的安全监管；指导农村水利社会化服务体系建设和农村水利技术推广，指导水利扶贫工作；组织拟订农村水能资源开发规划，组织开展水能资源调查，指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造等农村水能资源开发工作。
（八）移民与南水北调工程管理科
负责全市在建和拟建水利水电工程征地移民安置管理工作；负责移民安置规划审核、组织实施和评估验收工作；承担新建大中型水库移民后期扶持人口的审核上报工作；负责全市大中型水库移民后期扶持政策落实工作；指导编制全市大中型水库移民后期扶持规划和大中型水库库区、移民安置区基础设施建设、经济发展规划并组织实施；负责全市大中型水库移民后期扶持政策实施情况监测评估工作；指导和监督全市水利水电工程征地移民安置、水库移民后期扶持相关资金的使用管理；承担全市大中型水库移民遗留问题、小型水库移民困难处理工作；负责水利水电工程移民安置稽察、监督评估和移民后期扶持政策实施稽察管理工作；协调落实南水北调工程有关重大政策和措施；组织南水北调工程竣工财务决算、审计和工程验收有关工作；负责南水北调工程运行管理与后续工程建设的行政监督；拟订南水北调受水区年度水量调度计划并组织实施；负责南水北调配套工程水量调度、运行管理工作并对南水北调配套工程供用水和设施保护工作进行监督、指导；负责南水北调配套工程水费征缴、管理和使用。
（九）河长制工作科
指导全市全面推行河长制工作,拟订有关工作计划、制度等；负责落实河长制工作任务的组织协调、督导、检查、考核等;协调解决河湖库管理保护重大问题和重点事项；指导河道采砂规划审批和计划的编制，监督管理全市河道采砂工作，牵头负责监督指导非季节性河流的采砂管理及防洪安全、河势稳定、堤防安全等相关工作；承担市河长制办公室日常工作。
（十）人事科（科技与对外合作科）
承担机关和所属单位的干部人事、机构编制、劳动工资和教育培训工作，指导水利行业人才队伍建设；承担水利体制改革的有关工作；拟订水利行业地方技术标准、规程规范并监督实施，组织重大水利科学研究、技术引进和科技推广工作；组织、指导水利系统对外交流合作。
（十一）财务科
负责部门预决算的编制和预算执行工作，承担机关并指导所属单位的财务和资产管理工作；组织提出市级水利财政资金安排建议，并协调项目实施的监督管理和绩效评价；负责机关和所属单位内部审计工作；提出有关水利价格、税费、信贷等建议。
（十二）机关党委
负责机关和所属单位的党群、纪检工作。
（十三）离退休干部工作科
负责离退休干部工作。
(十四)打井配套办公室
组织开展全市农田水利基本建设和“红旗渠精神杯”、“兴水杯”竞赛活动，承担市农田水利基本建设指挥部日常工作；组织实施小型农田水利重点县等农田水利项目；指导井灌工程建设和管理工作。
（十五）防汛通信站
负责制定全市防汛通信网建设规划和工作计划；负责全市防汛通信网建设和防汛通信设备监督管理；负责局水利信息化建设、管理和保密工作，指导全市水利信息化工作；负责全市防汛通信工作人员业务技术培训。
（十六）水利水电工程建设管理处
贯彻执行水利水电工程建设和管理规章制度；负责施工单位及从业人员资质动态考核；指导监督全市水利工程建设监理工作；负责全市水利工程招投标监督和造价管理；指导监督水利工程安全生产工作；组织市重点水利工程建设和验收；负责组织实施农村水电电气化县建设，参与指导农村小水电及小电网建设。
现任领导
闫道畅：局长
田国祥：党委委员，市鸭河口水库工程管理局局长，党委书记
李金栓：副局长、党委副书记
张秀杰：党委委员、纪委书记
刘大伟：副局长
邢必达：副局长
胡红晓：副局长
王新春：副局长（挂职）
刘 垠：党委委员、副局长
张 晌：副局长
李星华：副局长、党委委员，
王会午：总工程师、党委委员
所获荣誉
2021年1月，被公示为“全面推行河长制湖长制先进集体”名单。
2021年5月，被水利部授予“全面推行河长制湖长制工作先进集体”称号。
2021年7月，入选全国水利扶贫先进集体公示名单。
2022年7月，南阳市水利局被表彰为2018—2020年度河南省红旗渠精神杯竞赛活动先进集体。