叶绿素荧光，作为光合作用研究的探针，得到了广泛的研究和应用。叶绿素荧光不仅能反映光能吸收、激发能传递和光化学反应等光合作用的原初反应过程，而且与电子传递、质子梯度的建立及ATP合成和CO2固定等过程有关。几乎所有光合作用过程的变化均可通过叶绿素荧光反映出来，而荧光测定技术不需破碎细胞，不伤害生物体，因此通过研究叶绿素荧光来间接研究光合作用的变化是一种简便、快捷、可靠的方法。叶绿素荧光在光合作用、植物胁迫生理学、水生生物学、海洋学和遥感等方面得到了广泛的应用。
研究历史
叶绿素荧光现象是由传教士Brewster首次发现的。1834年Brewster发现当一束强
太阳光穿过
月桂叶子的
乙醇提取液时，溶液的颜色变成了绿色的
互补色——红色，而且颜色随溶液的厚度而变化，这是历史上对
叶绿素荧光及其重吸收现象的首次记载。后来，Stokes（1852）认识到这是一种
光发射现象，并使用了“
fluorescence”一词。1874年，Müller发现叶绿素溶液稀释后，
荧光强度比活体叶子的荧光强得多。尽管Müller提出叶绿素荧光和
光合作用之间可能存在相反的关系，但由于他的实验没有对照，实验条件控制不严格，因此人们并没有将叶绿素荧光诱导（瞬变）现象的发现归功于Müller。
Kautsky是公认的叶绿素
荧光诱导现象的
发现者。1931年，Kautsky和Hirsch用肉眼观察并记录了叶绿素荧光诱导现象(Lichtenthaler，1992；Govindjee，1995)。他们将
暗适应的叶子照光后，发现叶绿素荧光强度随时间而变化，并与CO2的固定有关（图3.1）。他们得到的主要结论如下：1.叶绿素荧光迅速升高到最高点，然后下降，最终达到一
稳定状态，整个过程在几分钟内完成。2.曲线的上升反映了光合作用的原初
光化学反应，不受温度（0℃和30℃）和
HCN处理的影响。若在最高点时关掉光，则荧光迅速下降。3.
荧光强度的变化与CO2的固定呈相反的关系，若荧光强度下降，则CO2固定增加。这说明当荧光强度降低时，较多的光能用于转变成
化学能。4.奇怪的是（照光后）CO2的固定有一个
延滞期，似乎说明“光依赖”的过程对CO2固定过程的进行是必需的。另一个未得到解释的现象是若在荧光诱导结束后关掉光，则荧光水平的恢复需要很长时间。在Kautsky的发现之后，人们对叶绿素荧光诱导现象进行了广泛而深入的研究，并逐步形成了光合作用荧光诱导理论，被广泛应用于光合作用研究。由于Kautsky的杰出贡献，叶绿素荧光诱导现象也被称为Kautsky效应（Kautsky Effect）。
量子产量
细胞内的叶绿素分子通过直接吸收
光量子或间接通过
捕光色素吸收光量子得到能量后，从
基态（
低能态）跃迁到
激发态（高能态）。由于波长越短能量越高，故叶绿素分子吸收红光后，
电子跃迁到最低激发态；吸收蓝光后，电子跃迁到比吸收红光更高的能级（较高激发态）。处于较高激发态的叶绿素分子很不稳定，在几百
飞秒（fs，1 fs=10－15 s）内，通过
振动弛豫向
周围环境辐射热量，回到最低激发态（图3.2）。最低激发态的叶绿素分子可以稳定存在几
纳秒（ns，1 ns=10－9 s）。
处于较低激发态的叶绿素分子可以通过几种途径
释放能量回到稳定的基态。能量的释放方式有如下几种（图3.3）（Campbell et al.，1998；Roháček & Barták，1999；Malkin & Niyogi，2000）：1.重新放出一个光子，回到
基态，即产生荧光。由于部分激发能在放出荧光光子之前以热的形式逸散掉了，因此荧光的波长比吸收光的波长长，叶绿素荧光一般位于红光区。2.不放出光子，直接以热的形式耗散掉（非辐射
能量耗散）。3.将能量从一个叶绿素分子传递到邻近的另一个叶绿素分子，能量在一系列叶绿素分子之间传递，最后到达
反应中心，
反应中心叶绿素分子通过
电荷分离将
能量传递给
电子受体，从而进行
光化学反应。以上这3个过程是相互竞争的，往往是具有最大速率的过程处于
支配地位。对许多色素分子来说，荧光发生在纳秒级，而
光化学发生在ps级，因此当光合生物处于正常的生理状态时，
天线色素吸收的光能绝大部分用来进行光化学反应，荧光只占很小的一部分。
活体细胞内由于激发能从
叶绿素b到
叶绿素a的传递几乎达到100%的效率，因此检测不到叶绿素b荧光。在室温下，绝大部分（约90%）的活体叶绿素荧光来自PSⅡ的天线色素系统，而且光合器官吸收的能量只有约3%～5%用于产生荧光（林世青，1996；Krause & Weis，1991）。
产品调制
调制叶绿素荧光全称脉冲-
振幅-调制（Pulse-Amplitude-Modulation,PAM）叶绿素荧光，我们国内一般简称调制叶绿素荧光，测量调制叶绿素荧光的仪器叫
调制荧光仪，或叫PAM。
调制叶绿素荧光（PAM）是研究光合作用的强大工具，与光合
放氧、
气体交换并称为光合作用测量的三大技术。由于其测量快速、简单、可靠、且
测量过程对样品生长基本无影响，已成为光合作用领域发表文献最多的技术。
工作原理
1983年，WALZ公司
首席科学家，德国
乌兹堡大学教授Ulrich Schreiber博士利用
调制技术和饱和脉冲技术，设计制造了全世界第一台脉冲振幅调制（Pulse-Amplitude-Modulation，PAM）荧光仪——PAM-101/102/103。
所谓调制技术，就是说用于激发荧光的测量光具有一定的调制（开/关）频率，
检测器只记录与测量光同频的荧光，因此调制荧光仪允许测量所有生理状态下的荧光，包括
背景光很强时。正是由于调制技术的出现，才使得叶绿素荧光由传统的“黑匣子”（避免
环境光）测量走向了野外环境光下测量，由生理学走向了
生态学。
所谓饱和脉冲技术，就是打开一个持续时间很短（一般小于1 s）的强光关闭所有的电子门（光合作用被暂时抑制），从而使叶绿素荧光达到最大。饱和脉冲（Saturation Pulse, SP）可被看作是光化光的一个特例。光化光越强，PS II释放的电子越多，PQ处累积的电子越多，也就是说关闭态的电子门越多，F越高。当光化光达到使所有的电子门都关闭（不能进行光合作用）的强度时，就称之为饱和脉冲。
打开饱和脉冲时，本来处于开放态的电子门将该用于光合作用的
能量转化为了叶绿素荧光和热，F达到
最大值。
经过充分
暗适应后，所有电子门均处于开放态，打开测量光得到Fo，此时给出一个饱和脉冲，所有的电子门就都将该用于光合作用的能量转化为了荧光和热，此时得到的叶绿素荧光为Fm。根据Fm和Fo可以计算出PS II的最大量子产量Fv/Fm=(Fm-Fo)/Fm，它反映了植物的潜在最大
光合能力。
在光照下光合作用进行时，只有部分电子门处于开放态。如果给出一个饱和脉冲，本来处于开放态的电子门将该用于光合作用的能量转化为了叶绿素荧光和热，此时得到的叶绿素荧光为Fm’。根据Fm’和F可以求出在照光条件下PSII反应中心部分关闭的情况下的实际原初光能捕获效率=ΦPSII=ΔF/Fm’=(Fm’-F)/Fm’，它反映了植物的实际
光合效率。
在光照下光合作用进行时，只有部分电子门处于关闭态，实时荧光F比Fm要低，也就是说发生了
荧光淬灭（
quenching）。植物吸收的光能只有3条
去路：光合作用、叶绿素荧光和热。根据
能量守恒：1=光合作用+叶绿素荧光+热。可以得出：叶绿素荧光=1－光合作用－热。也就是说，叶绿素荧光产量的下降（
淬灭）有可能是由光合作用的增加或热耗散的增加引起的。由光合作用的引起的荧光淬灭称之为
光化学淬灭（photochemical quenching, qP）；由
热耗散引起的荧光淬灭称之为非光化学淬灭（non-photochemical quenching, qN或
NPQ）。光化学淬灭反映了植物光合活性的高低；非光化学淬灭反映了植物耗散过剩光能为热的能力，也就是
光保护能力。
光照状态下打开饱和脉冲时，电子门被完全关闭，光合作用被暂时抑制，也就是说光化学
淬灭被全部抑制，但此时荧光值还是比Fm低，也就是说还存在
荧光淬灭，这些剩余的荧光淬灭即为非光化学淬灭。淬灭系数的
计算公式为：qP=(Fm’-Fs)/Fv’=1-(Fs-Fo’)/(Fm’-Fo’)；qN=(Fv-Fv’)/Fv=1-(Fm’-Fo’)/(Fm-Fo)；NPQ=(Fm-Fm’)/Fm’=Fm/Fm’-1。
当F达到稳态后关闭光化光，同时打开远红光（Far-red Light, FL）（约持续3－5 s），促进PS I迅速吸收累积在电子门处的电子，使电子门在很短的时间内回到开放态，F回到最小荧光Fo附近，此时得到的荧光为Fo’。由于在
野外测量Fo’不方便，因此野外版的调制荧光仪（除
PAM-2100和
WATER-PAM）外，多数不配置远红光。此时可以直接利用Fo代替Fo’来计算qP和qN，尽管得到的
参数值有轻微差异，但qP和qN的变化趋势与利用Fo’计算时是一致的。由于NPQ的计算不需Fo’，近10几年来得到了越来越广泛的应用。
根据PS II的实际量子产量ΔF/Fm’和
光合有效辐射（Photosynthetically Active Radiation,
PAR）还可计算出
光合电子传递的相对速率rETR=ΔF/Fm’·PAR·0.84·0.5。其中0.84是植物的经验性
吸光系数，0.5是假设植物吸收的光能被两个
光系统均分。
仪器简介
PAM-101/102/103，最经典的型号，虽已停产，但在国际最著名的光合作用实验室，仍是主打机型，原因很简单，它老不坏啊。
PAM-2000/
PAM-2100，最畅销的便携式机型，应用非常广泛
MINI-PAM，比PAM-2100便宜，功能同样强大
DIVING-PAM，全球第一台可水下
原位测量植物生理的仪器，仪器全防水设计，在
珊瑚研究领域应用非常广泛
IMAGING-PAM，新型
荧光成像系统，最有意思的是一个主机可以连接多个探头，功能超级强大，是“下一代”产品
DUAL-PAM-100，同步测量叶绿素荧光和P700，也就是同时研究PSII和PSI活性，在技术上有重大革新
等等