晚更新世也称上更新世，年代测定为126000年（±5000年）至10000年，是第四纪中更新世的最后阶段，之后全新世开始。晚更新世大部分时期，冰川成为了这一时期的主宰，包括在北美洲的威斯康辛冰期（Wisconsin glaciation ）、欧亚大陆冰川时期。而许多巨型动物在此期间灭绝，并且这一趋势一直持续到全新世。此外，现代人类物种淘汰了其他人类物种。在晚更新世人类传播的足迹到达世界各大洲 ，除南极洲以外。
物种
大约1.1万年前，在北美洲，各种动物灭绝，这些动物大多大于大约44公斤（约100磅）的哺乳类动物 。这其中一些动物灭绝是人所共知的（如剑齿虎，猛犸象，乳齿象）。还有一些是不为人知动物（如短脸臭鼬和巨型河狸）。另外有些动物在北美洲灭绝，但还存活在其他地方，比如，马和貘 。
▲灭绝的动物
大地獭（Ground Sloths ）
犰狳（Beautiful Armadillo）
短脸臭鼬（Short-faced Skunk）
恶狼（Dire Wolf）
短脸熊（Short-faced Bear）
美洲狮（American Lion）
美洲豹（Jaguar）
剑齿虎（Saber-toothed Cats）
巨型河狸（Giant Beaver）
野猪类动物（Peccaries）
驼鹿（Stag-moose）
物种灭绝原因
超级病毒
一些科学家开始探询可能的其他原因。罗斯.麦卡菲（Ross Macphee）是一位生物学家，20世纪90年代以来，他一直关注美洲的动物灭绝情况。一次的灭绝始于1500年，也就是欧洲人到美洲探险的年代。当麦卡菲编撰灭绝动物名单的时候发现：近500年来，灭绝的物种1/8是大型哺乳动物；在上一个
冰河期结束时，灭绝的有3/4是大型哺乳动物，而在这当中的1万年中，北美没有一种哺乳动物灭绝。麦卡菲开始考虑这之间的空白。他认为，无论是史前还是如今出现的
物种灭绝，都反复出现一种模式，即人类与灭绝动物的碰撞。他猜想，是不是人类对大大小小的哺乳动物给了致命的打击。
本世纪初，
埃博拉病毒爆发，将非洲某些村落的人消灭殆尽。一种病毒竟然可以在整个人群中传播，这引起麦卡菲的兴趣。他进一步猜想，是不是有一种超级病毒，它不只是在一个物种间传播，而且可能将好几个物种灭绝。麦卡菲和另一位试图研究灵长类
艾滋病毒的科学家一起构筑了超级病毒假说。
他们把超级病毒定义为对一个物种各个年龄段都有杀伤力的病毒，它一旦发作，至少会把某一物种3/4个体杀死，并且对其它物种也有相同的杀伤力。如今我们所知道的病毒里面，没有一个符合超级病毒的条件，但某些病毒也具有其中某些特征。比如流感病毒就能跨越物种界限，而20世纪90年代早期，一种菌类在中美洲金蛙群中肆虐，1995年以后，人类就再也没有见到过金蛙，这说明金蛙这一物种已经灭绝了。
有许多证据证明猛犸象可能灭绝于一种超级病毒。猛犸象在地球存在了数百万年，当一批新的
智人来到北美大陆的时候，这些长毛獠牙的动物就开始销声匿迹了。大约4000年前，弗兰格尔岛上还有猛犸象生存，可是当人类的脚步踏上这片土地的时候，它们带着猛犸象所有的秘密也死光了。
麦卡菲认为，正是和人类的接触才使猛犸象受到一种来自人类的病毒的侵袭，而它们的
免疫系统对这种新的病毒没有及时的抗击能力。如果猛犸象和它们的亲戚亚洲象一样，孕期长达两年的话，即使某些个体能够抵抗病毒，它们的繁殖速度可能也不够快，从而无法挽救整个物种的灭亡。
滥捕滥杀
从年代上，猛犸象和早期人类有很长一段共存的时间。一些远古的岩画中清楚的刻着猛犸象的形象，而古岩画通常是早期人类活动的记录。有些科学家据此认为，猛犸象等大型动物是遭到猎杀而灭绝的。这个假设是从研究北美洲的动物灭绝而提出来的。科学家们认为，亚洲人跨过如今已被海水淹没的白令海峡来到阿拉斯加，然后向南扩张至整个美洲大陆。而人类向南扩展的过程和大型动物灭绝的时间出奇地吻合。
一部分迁徙到美洲大陆的人建立了所谓的克罗维斯（Clovis）文化，该文化的遗址最初在一个叫克罗维斯的地方发现，因而得名。这种文化在北美大陆各地都有发现，他们兴盛于1.3万多年前。猛犸象的庞大体型和厚厚的长毛无疑会成为人类食物和皮毛的目标。克罗维斯人以其大型石斧和尖锐石矛而闻名，这些武器和
智人的战略对于从来没有遇到过这么强势对手的古骆驼、大地獭、猛犸象等大型哺乳动物来说，都是致命的。
考古学家的发现为这个假说提供了一些直接的证据。1932年在科罗拉多州的丹特地区发现了猛犸象的骨骸和矛尖，而骨骼上有长矛留下的伤痕。此后陆续在其他考古遗址发现类似的情况。例如，在亚利桑那州圣彼得山谷的雷娜农场，发现有十三具猛犸象遗骸和石制的矛尖。这群猛犸象，看起来似乎是一个象群，聚集在一个水塘的时候全部遭到屠杀。捕杀理论也有严重的缺陷。虽然科学家们发现了一些猛犸象被宰杀的遗址，却没有直接证据能证明其它大型动物也遭到类似的猎杀。研究表明，克罗维斯人似乎更愿意捕猎小型的动物和采集植物，因此人类的滥捕滥杀不大可能是大地獭之类大型动物灭绝的惟一原因。
而且克罗维斯人并非首批来到美洲大陆的人类。在智利南方的一个距今约1.4万年前的定居点发现的证据显示，在猛犸象等大型动物灭绝的几千年前，人类就已经在美洲大陆生活了。
▲澳洲巨型袋鼠在4万年前的灭绝原因
地质沉积学证明表明，在巨型动物逐渐减少的时期里达灵当斯地区曾经经历了反复的干湿条件的循环，即干旱与暴雨造成的周期性的大水。研究中没有发现能够表明化石的堆积有人类活动参与的证据，但是却能够将巨型动物的减少与不断恶劣的干旱气候联系起来。因此，最有可能的情况是澳大利亚巨型袋鼠和其它巨型动物的灭绝是‘大自然母亲’一手造成的。
地理特点
晚更新世动物灭绝是极有地理特点。其一是主要发生在欧亚与美洲，其二是美洲特别是北美严重于欧亚。猛犸象、
披毛犀都是北半球动物灭绝的明星动物。北美是马类动物的起源地，一直生机盎然，但马类却在晚更新世末灭绝；直到近代由于欧洲殖民者的携带，美洲大地才重新又有马类的活动。
气候
更新世期间，东北的气候和华北的差别不大。这可以由在辽宁和吉林发现的
中更新世哺乳动物群得到证明。在辽宁，还发现了与北京人大体同时的人类化石和文化遗物，表明辽宁地区此时也在早期人类的活动范围之内。从晚更新世起，东北与华北在气候上的差别越来越明显。这一时期生活在东北的是“猛犸象－披毛犀动物群”，它在成分上与西伯利亚动物群基本相同。像狼、洞熊、猛犸象、普通马、披毛犀、马鹿、大角鹿、野牛、原始牛等，从中国东北到西伯利亚以至欧洲，都有它们的踪迹。这一动物群拥有
萨拉乌苏动物群所缺少的猛犸象和东北野牛等种属；森林动物所占比重也大于华北的动物群。这些差异，表明晚更新世东北的气候总的说来是比较寒冷和潮湿的。
地质层
从地层和动物群方面看，华北
更新世可以分为4个时间单位，依次称为“泥河湾期”、“公王岭期”、“周口店期”和“
马兰黄土期”。泥河湾期相当于早更新世，公王岭期和周口店期分别相当于
中更新世的早期和晚期，马兰黄土期则相当于晚更新世。
马兰黄土期地层以分布极广的晚更新世马兰黄土和河流的或河湖相的堆积为代表，标准动物群是产自鄂尔多斯高原东南角的河湖相堆积层中的“萨拉乌苏动物群”。它的重要成员有纳玛象、野驴、
普氏野马、
披毛犀、诺氏驼、马鹿、
河套大角鹿、王氏水牛、原始牛和最后斑鬣狗等，多半是适应草原生活的动物，但也有一些喜欢在水边、林边生活。从动物群总的特点来看，华北在马兰黄土期的气候要比前一时期寒冷和干燥。
海平面
在晚更新世低海面时期，海面要比今日低130多米，以致黄海北部大陆架出露，使哺乳动物和人类可以从陆地迁移到沿海的岛屿上去。进入
全新世，随着气候逐渐变暖，海平面回升，一些陆地又重新被海水淹没。
福州地处太平洋西岸，海域是中国东海的组成部分，晚更新世以来海平面的变化，对福州的影响较大。在距今35000年前，古海平面在-50米处。距今29000～28000年间，古海面在-110～-100米深处。距今28000～25000年间，海面回升到-90米。距今25000～23500年间，海面又下降至-100米处。距今23000～20500年间，古海面位于-130～-140米处。自18000年前开始，海平面又急剧下降，至15000年前达到最低点，为-150～-160米。中国东海
大陆架大部分脱水露出海面，大陆向东延伸数百公里，台湾和本省岛屿均与大陆连成一片。从15000年以来，海面开始回升，在回升过程中曾有几次停顿，形成数级
水下阶地。距今14440年，海面回升到-115米；14000年前回升到-100米；12000年前回升到-50～-60米；11300年左右，上升到-18米以上。海水已影响到
闽江口地区，当时闽江河谷较如今低15～20米。8000年前，海面为-5米左右；7000～6000年间，海面达到如今高度；6000～5000年间，海面升到最大高度，比如今海面高3～4米，福州盆地成为海湾。距今约2600年起海平面逐渐下降，直至今日的位置。这次
海侵，称为“长乐海侵”，盆地内沉积几米至十几米厚的淤泥层，福州盆地内许多以“屿”命名的地名，如前屿、后屿、台屿、横屿、南屿、盘屿、国屿等，以及甘蔗昙石山的
贝丘遗址也都证明这一史实。