将水系统作为一个整体，根据水系统沿岸城镇及工矿企业的地理分布，以及水系统的自净能力、纳污容量和污染状况，为防治水污染所采取的综合防治措施。它包括各种工程技术手段和管理措施，具体有整体性、综合性和区域性的特点。
概况
水污染综合防治是综合运用各种措施以防治水体污染的措施。防治措施涉及工程的与非工程的两类，主要有：①减少废水和污染物排放量，包括节约生产废水，规定用水定额，改善生产工艺和管理制度、提高废水的重复利用率，采用无污染或少污染的新工艺，制定物料定额等。对缺水的城市和工矿区，发展区域性循环用水、废 水再用系统等。②发展区域性水污染防治系统，包括制定城市水污染防治规划、流域水污染防治管理规划，实行水污染物排放总量控制制度，发展污水经适当人工处理后用于灌溉农田和回用于工业，在不污染地下水的条件下建立污水库，枯水期贮存污水减少排污负荷、洪水期内进行有控制地稀释排放等。③发展效率高、能耗低的污水处理等技术来治理污水。
释义
污染综合防治是指从整体出发，综合运用各种措施，对水环境污染进行防治。实施水污染综合防治是十分必要的，因为中国是一个水资源比较缺乏的国家，并且表现为两种：其一是资源型缺水，其二是水质型缺水。长期以来以点源治理为基础的排污口净化处理，不能有效地解决水污染问题，必须从区域和水系的整体出发进行水污染综合防治，才能从根本上控制水污染，解决水质型缺水的问题。
必要性
水污染综合防治的必要性和迫切性集中体现在两个方面：一是水资源紧缺、供需不平衡的矛盾突出，而水环境污染严重使这一矛盾更加突出，迫切需要解决；
迫切性
二是以点源治理为基础的排污口净化处理，不能有效地解决水污染问题，必须从区域或水系的整体出发进行水污染综合防治，由点源治理的尾部控制过渡到源头控制，才能从根本上控制水污染。
基本原则
进行污水防治，根本的原则是“防”“治”“管”三者结合起来。
“防”
对污染源的控制，通过有效控制和预防措施，使污染源排放的污染物量削减到最小量。
(1) 对
工业污染源，最有效的控制方法是推行清洁生产。清洁生产是指资源能源利用量最小，污染排放量也最少的先进的生产工艺。清洁生产采用的主要技术路线有：改革原料选择及产品设计，以无毒无害的原料和产品代替有毒有害的原料和产品；改革生产工艺，减少对原料、水及能源的消耗；采用循环用水系统，减少废水排放量；回收利用废水中的有用成分，使废水浓度降低等。清洁生产提倡对产品进行生命周期的分析及管理，而不是只强调末端处理。
(2) 对
生活污染源，可以通过有效措施减少其排放量。如推广使用节水用具，提高民众节水意识，降低用水量，从而减少生活污水排放量。
(3) 对农业污染源，为了有效地控制面污染源，更必须从“防”做起。提倡农田的科学施肥和农药的合理使用，可以大大减少农田中残留的化肥和农药，进而减少农田径流中所含氮、磷和农药的量。
“治”
通过各种措施治理污染源以及已被污染的水体，使污染源实现“达标排放”，令水体环境达到相应的水质功能。
污染源要实现“零排放”是很困难的，或者几乎是不可能的，因此，必须对污(废)水进行妥善的处理，确保在排入水体前达到国家或地方规定的排放标准。应十分注意工业废水处理与城市污水处理的关系。对于含有酸碱、有毒有害物质、重金属或其他特殊污染物的工业污水，一般应在厂内就地进行局部处理，使其能满足排放至水体的标准或排放至城市下水道的水质标准。那些在性质上与城市生活污水相近的工业污水，则可优先考虑排入城市下水道与城市污水共同处理，单独对其设置污水处理设施不仅没有必要，而且不经济。城市污水收集系统和处理厂的设计，不仅应考虑水污染防治的需要，同时应考虑到缓解水资源矛盾的需要。在水资源紧缺的地区，处理后的城市污水可以回用于农业、工业或市政，成为稳定的水资源。为了适应废水回用的需要，其收集系统和处理厂不宜过分集中，而应与回用目标相接近。
另外，对于已经遭受污染的水体，应根据水体污染的特点积极采取物理、化学、生物工程等手段进行污染治理，使恶化的水生态系统逐步得到修复。
“管”
加强对污染源、水体及水处理设施的监控管理，以管促治。“管”在水污染防治中也占据十分重要的地位。科学的管理包括对污染源、水体处理设施以及污水处理厂进行经常监测和检查，以及对水体环境质量进行定期的监测，为环境管理提供依据和信息。
主要对策
水环境功能分区是进行水污染综合防治的依据
根据水环境的现行功能和经济、社会发展的需要，依据地表水环境质量标准进行水环境功能区划，是水源保护和水污染控制的依据。如，地表水环境质量标准将水域控功能分为五类：I类主要适用于源头水，国家级自然保护区；Ⅱ类主要适用于集中式生活饮用水水源地一级保护区，珍贵鱼类保护区、鱼虾产卵场等；Ⅲ类主要适用于集中式生活饮用水水源地二级保护区，一般鱼类保护区及游泳区；Ⅳ类主要适用于一般工业用水及人体非直接接触的娱乐用水区；V类主要适用于农业用水区及一般景观要求水域。
① 原则与方法
划分原则是：集中式饮用水源地优先保护；水体不得降低现状使用功能，兼顾规划功能；有多种功能的水域，依最高功能划类别；统筹考虑专业用水标准要求；上下游区域间相互兼顾，适当考虑潜在功能要求；合理利用水体自净能力和环境容量；考虑与陆上工业合理布局相结合；考虑对地下饮用水源地的影响；实用可行，便于管理。
功能区划分方法：根据因地制宜、实事求是的原则，按实测定量、经验分析、行政决策进行。
② 按功能区控制污染，保护水源
（i）按水域功能划定保护级别，提出控制水污染的要求。如：特殊保护水域，指国家的《
地表水环境质量标准》（GB3838—2002）Ⅰ、Ⅱ类水域，对这类水域不得新建排污口，现有的排污单位由地方环境部门从严控制，以保证受纳水体水质符合规定用途的水质标准；而重点保护水域，则是指GB3838－2002规定的Ⅲ类水域，对排入本水域的污水执行《污水综合排放标准》（GB8978—1996）规定的一级排放标准。
（ii）按功能区实行总量控制。所谓总量控制是指为了保持某环境功能区的
环境目标值，所能容许的某种污染的最大排放量。所以，水
环境功能区划是实施
水污染总量控制的依据。
① 主要内容与工作步骤
（i）在水环境调查评价的基础上，分析确定水环境的主要问题。
（ii）
水污染控制单元的划分。根据水环境问题分析结论，考虑行政区划、水域特征、污染源分布特点，将源所在区域与受纳水域划分为一个个水污染控制单元。
（iii）提出环境目标，进行可达性论证。全国人大四次会议明确提出了跨世纪的环境保护战略目标，这是提出水污染综合防治目标的依据。环境目标要有主要污染物总量控制目标和水环境综合整治各分项具体目标。对环境目标要进行可达性论证。
（iv）确定主要污染物削减量，以及削减比例分配方案。
（vi）实施规划的支持和保证。包括：资金来源分析，年度计划的制定，实施排污申报登记及
排污许可证制度的建议方案，以及必要的技术支持等。
② 制定水污染综合防治规划必须坚持的几项原则
（i）以经济建设为中心，有利于促进经济与环境协调发展。
（ii）以合理开发利用水资源为核心，着眼于全过程控制。通过转变经济增长方式，推行清洁生产，把污染消除在经济再生产过程中。
（iii）全面规划、突出重点，因地制宜、讲求实效。
（iv）坚持综合整治的原则。对规划方案要进行系统分析，达到整体优化。
实践证明，在推行这项制度时，一定要结合中国目前的技术水平与管理体制，遵循下列5点要求。
① 从实际出发确定总量控制目标。当排放污染物的受纳水体的环境容量尚难确定时，可根据国家环保局1995年12月提出的总量控制方案所确定的原则，以1995年主要水污染物的排放总量作为一个目标总量，按所在地区的实际技术经济水平，确定削减比例，分配到主要污染源。
② 选好发证对象。发放许可证的对象主要是本地区的污染大户，一个城市抓十几户或几十户即可。要经污染源调查评价，选好控制重点。如安阳市提出：抓好2、5、8，控制了8、9，即分批抓20个、50个、80个污染大户，可控制本市水污染负荷的70%、80%、90%。
③ 控制污水总量。因地制宜进行计量，控制污水总量。
④ 强化发证后的环境监督管理。
⑤ 重视实践经验，不断提高水平。实行
排污许可证制度，要先行试点总结经验逐步推广。但也应注意研究实施过程中出现的新问题，如排污指标有偿转让、
排污权交易等。
乡镇企业的水污染综合防治对策
乡镇企业的工业废水排放量1997年虽然只有39亿吨，约占全国工业废水排放总量的17.2%，但乡镇企业分布广、与
农业生态系统交错在一起，对耕地和河流的支流（或河网）已构成严重威胁，必须尽快进行综合防治。
首先，按产业政策调整产业结构和产品结构，使污染型行业所占比例降至15%以下，到2000年，全部取缔坑式焦炉；全部淘汰开放式炼磺炉；水泥生产不准新建蛋窑、土立窑和2万吨以下的机立窑；淘汰制浆规模30吨/日以下的小造纸厂等。
其二，乡镇企业要合理布局，与农业生态系统组合成良性循环的复合生态系统。
其三，对小电镀、小化工、小印染、小造纸等要严加控制。