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直接筛选

用基因组DNA直接从cDNA文库中筛选位于该基因组片段内的cDNA

直接筛选即用基因组DNA直接从cDNA文库中筛选位于该基因组片段内的cDNA，如从覆盖有候选区域的YAC、PAC、BAC克隆中分离外源片段作为探针从文库中筛选候选基因;而cDNA选择法恰恰与直接筛选法相反，它把基因组DNA固定在膜上，用总cDNA与之杂交，通过PCR从中回收可与基因组片段结合的cDNA片段。

缺点是大片段地纯化，标记较困难，而PAC、BAC克隆片段纯化相对方便的优点就成为这种方法发展的趋势;同时由于探针的复杂性，使杂交背景加深，假阳性增多，而且容易忽略短的外显子或低丰度cDNA。cDNA选择法的最大优越性在于PCR反应的介入，大大提高了选择的灵敏度，可以检测到一些稀有转录子。
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