精编分子生物学实验指南
2008年科学出版社出版的图书
《精编分子生物学实验指南》是2008年科学出版社出版的图书，作者是(美)F.M.奥斯伯(Fredrick M. Ausubel)。
内容简介
本书是知名度很高、不断更新的《最新分子生物学实验方法汇编》(Current Protocols in Molecular Biologyc)系列的精编版本。新版对原有内容进行了修订和更新，包括：大肠杆菌、质粒和噬菌体，DNA的制备和分析，DNA和RNA的酶学操作，RNA的制备和分析，重组DNA文库的构建，重组DNA文库的筛选，DNA序列测定，克隆化DNA的诱变，DNA导人哺乳动物细胞，蛋白质分析，免疫学，DNA-蛋白质相互作用，酿酒酵母，原位杂交和免疫组织化学，聚合酶链反应，蛋白质的表达，蛋白质磷酸化的分析，生物信息学，蛋白质相互作用的分析等；又新增了染色质的装配与分析，核酸阵列，组合文库的建立和使用，单个细胞或一群细胞问差异表达基因的发现和分析四章内容。
本书可供高等院校和科研机构从事分子生物学研究的科研工作者和研究生参考。
图书目录
译 者 序
前 言
第1 章 大肠杆菌、质粒和噬菌体
１.１ 培养基的制备及细菌学工具
1.1.1 极限培养基
1.1.2 丰富培养基
1.1.3 固体培养基
1.1.4 实验工具
１.２ 在液体培养基中培养
1.2.1 基本方案1 过夜培养
1.2.2 基本方案2 大体积培养
1.2.3 基本方案3 利用计数板监测生长情况
1.2.4 基本方案4 利用分光光度计监测生长情况
１.３ 固体培养基上培养
1.3.1 基本方案1 通过连续稀释法滴定和分离细菌菌落
1.3.2 基本方案2 通过平板划线法分离单菌落
1.3.3 基本方案3 通过铺平板分离单个菌落
1.3.4 基本方案4 影印平板
1.3.5 辅助方案 菌株的保存和复苏
１.４ 经典细菌遗传学选论
１.５ 质粒载体
质粒载体的选择
１.６ 质粒DNA 的小量制备
1.6.1 基本方案1 碱裂解小量制备
1.6.2 备选方案 96 孔微量滴定板碱裂解法
1.6.3 基本方案2 煮沸小量制备法
１.７ 质粒DNA 的大量制备
1.7.1 基本方案1 碱裂解法制备粗制裂解物
1.7.2 基本方案2 氯化铯／溴化乙锭平衡离心法
1.7.3 备择方案 利用阴离子交换层析或分子筛层析纯化质粒DNA
１.８ 将质粒DNA 导入细菌细胞
1.8.1 基本方案1 CaCl<sub>2</sub> 转化法
1.8.2 备择方案 一步法制备和转化感受态细菌
1.8.3 基本方案2 高效率的电转化方法
１.９ λ 噬菌体概述
1.9.1 裂解性生长
1.9.2 溶源性生长
１.１０ 作为克隆载体的λ 噬菌体
1.10.1 用λ 噬菌体的优点
1.10.2 选择插入的DNA
1.10.3 λ 噬菌体来源的克隆载体的图谱
１.１１ λ 噬菌体铺平板产生噬斑
1.11.1 基本方案1 通过连续稀释法分离单个噬斑
1.11.2 基本方案2 噬菌体转染和体外包装构建
１.１２ 培养λ 衍生的噬菌体载体
1.12.1 基本方案 通过平板裂解制备噬菌体库
1.12.2 备择方案 制备液体裂解物
１.１３ 从噬菌体裂解液中制备λDNA
基本方案 通过分级平衡梯度离心制备DNA
１.１４ 源于丝状噬菌体的载体
１.１５ 利用M１３ 噬菌体衍生载体制备单链DNA
基本方案 利用辅助噬菌体从质粒制备单链DNA
第2 章 DNA 的制备和分析
电泳及其应用
凝胶和电路
２.１ 水溶液中DNA 的纯化和浓缩
2.1.1 基本方案 DNA 的酚抽提和乙醇沉淀
2.1.2 备择方案1 异丙醇沉淀DNA
2.1.3 辅助方案1 丁醇浓缩DNA
2.1.4 辅助方案2 醚抽提法去除残存酚、氯仿或丁醇
2.1.5 备择方案2 硅膜离心柱法纯化DNA
2.1.6 备择方案3 RNA 及DNA 稀溶液的纯化和浓缩
2.1.7 备择方案4 乙醇沉淀法去除低分子质量的寡核苷酸和核苷三磷酸
２.２ 阴离子交换色谱法纯化DNA
基本方案
２.３ 从哺乳动物组织中制备基因组DNA
基本方案
２.４ 从植物组织中制备基因组DNA
2.4.1 基本方案 氯化铯离心法制备植物DNA
2.4.2 备择方案 CTAB 制备植物DNA
２.５ 从细菌中制备基因组DNA
2.5.1 基本方案 细菌基因组DNA 的小量制备
2.5.2 备择方案 氯化铯法大规模制备细菌基因组DNA
2.5.3 辅助方案 从所得到的DNA 制备物中除去多糖
２.６ 琼脂糖凝胶电泳
2.6.1 基本方案 DNA 片段在标准琼脂糖凝胶上的分离
2.6.2 辅助方案 微型凝胶及中型凝胶
２.７ 脉冲场凝胶电泳
2.7.1 基本方案 倒转电场凝胶电泳
2.7.2 备择方案 钳位均匀电场电泳（CHEF 电泳）
2.7.3 辅助方案 高分子质量DNA 样品和分子质量标准物的制备
２.８ 从琼脂糖凝胶中分离和纯化大的DNA 限制酶切片段
2.8.1 基本方案1 琼脂糖凝胶电洗脱
2.8.2 基本方案2 NA-45 纸电泳
2.8.3 基本方案3 低熔点琼脂糖凝胶分离DNA
2.8.4 备择方案1 β-琼脂糖酶消化法从低熔点琼脂糖凝胶中回收DNA
2.8.5 备择方案2 硅膜离心柱从低熔点琼脂糖凝胶中回收DNA
2.8.6 辅助方案 溴化乙锭斑点定量法对DNA 浓度进行快速估测
２.９ 常规凝胶电泳分离小分子DNA 片段
2.9.1 基本方案1 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳
2.9.2 备择方案 聚丙烯酰胺凝胶DNA 小片段的电洗脱
2.9.3 基本方案2 筛分型琼脂糖凝胶电泳
２.１０ DNA 的毛细管电泳
2.10.1 基本方案1 寡核苷酸的分离
2.10.2 基本方案2 定量PCR 分析
2.10.3 备择方案 基因型分析
２.１１ Southern 印迹法
2.11.1 基本方案 用高盐缓冲液在尼龙膜或硝酸纤维素膜上进行Southern印迹
2.11.2 辅助方案 紫外透射仪的校准
2.11.3 备择方案1 用碱性缓冲液在尼龙膜上进行Southern 印迹
2.11.4 备择方案2 用向下毛细管转移法进行Southern 印迹
2.11.5 备择方案3 从聚丙烯酰胺凝胶至尼龙膜的电转印法
２.１２ DNA 的斑点和狭线印迹
2.12.1 基本方案 用多样抽滤加样器在不带电荷的尼龙膜和硝酸纤维素膜上进行DNA 斑点和狭线印迹
2.12.2 备择方案1 用多样抽滤加样器在带正电荷的尼龙膜上进行DNA斑点和狭线印迹
2.12.3 备择方案2 DNA 斑点印迹的手工制备
２.１３ DNA 印迹的杂交分析
2.13.1 基本方案 放射性标记的DNA 探针对DNA 印迹的杂交分析
2.13.2 备择方案 用放射性标记的RNA 探针对DNA 印迹进行杂交分析
2.13.3 辅助方案 从杂交膜上除去探针
２.１４ 寡核苷酸的合成及纯化
2.14.1 关于核酸的化学合成法的介绍
2.14.2 核酸合成方案
2.14.3 寡核苷酸纯化方案
２.１５ 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化寡核苷酸
基本方案
第3 章 DNA 和RNA 的酶学操作
３.１ 限制性内切核酸酶消化DNA
3.1.1 基本方案 单酶切消化单个DNA 样品
3.1.2 备择方案1 多限制性内切核酸酶消化DNA
3.1.3 备择方案2 消化多个DNA 样品
3.1.4 备择方案3 限制性内切核酸酶对DNA 部分消化
3.1.5 辅助方案 DNA 的甲基化
３.２ 核酸操作的常用试剂和放射性同位素
3.2.1 储液溶液
3.2.2 10 × 酶缓冲液
3.2.3 核苷三磷酸
3.2.4 标记核酸的放射性同位素
3.2.5 基本方案 酸沉淀法测定DNA 和RNA 中的放射性
3.2.6 备择方案 柱离心法从未掺入的前体dNTP 分离放射性标记DNA
３.３ DNA 依赖的DNA 聚合酶
3.3.1 基本方案1 缺口翻译标记DNA
3.3.2 基本方案2 DNA 的3′端标记
3.3.3 基本方案3 修复凸出的3′或5′端以产生平端
3.3.4 基本方案4 随机寡核苷酸引物介导的DNA 标记
3.3.5 天然T7 噬菌体DNA 聚合酶
3.3.6 经修饰的T7 噬菌体DNA 聚合酶
3.3.7 Taq DNA 聚合酶
３.４ 不依赖于模板的DNA 聚合酶
末端脱氧核苷酸转移酶（末端转移酶）
３.５ 依赖RNA 的DNA 聚合酶
逆转录酶
３.６ 依赖DNA 的RNA 聚合酶
噬菌体的RNA 聚合酶： SP6 、T7 和T3
３.７ 磷酸酶和激酶
3.7.1 细菌碱性磷酸酶（BAP） 和小牛肠碱性磷酸酶（CIP）
3.7.2 T4 噬菌体多核苷酸激酶
３.８ 外切核酸酶
3.8.1 外切核酸酶VII （exoVII）
3.8.2 λ 噬菌体外切核酸酶（λxo）
3.8.3 T7 噬菌体基因6 外切核酸酶
3.8.4 外切核酸酶III （exo III）
３.９ 内切核酸酶
3.9.1 Bal 31 核酸酶
3.9.2 S1 核酸酶
3.9.3 绿豆核酸酶
3.9.4 微球菌核酸酶
3.9.5 脱氧核糖核酸酶I （DNA 酶I）
3.9.6 无RNA 酶活性的DNA 酶I
３.１０ 核糖核酸酶
3.10.1 核糖核酸酶A （RNA 酶A）
3.10.2 无DNA 酶的RNA 酶A
3.10.3 核糖核酸酶H （RNA 酶H）
3.10.4 核糖核酸酶T1
３.１１ DNA 连接酶
3.11.1 T4 噬菌体DNA 连接酶
3.11.2 大肠杆菌DNA 连接酶
３.１２ RNA 连接酶
T4 RNA 连接酶
３.１３ DNA 片段的亚克隆
3.13.1 基本方案 DNA 片段的亚克隆
3.13.2 备择方案 凝胶块中DNA 片段的连接
３.１４ 聚合酶链反应构建重组DNA
基本方案 DNA 片段亚克隆
３.１５ 非同位素探针的标记和比色检测
3.15.1 基本方案1 用切口平移法制备生物素酰化的探针
3.15.2 基本方案2 用随机寡核苷酸引物合成法制备生物素酰化探针
3.15.3 辅助方案 生物素酰化探针的比色法检测
3.15.4 备择方案 制备和检测地高辛标记的DNA 探针
３.１６ 非同位素探针的化学发光检测
3.16.1 基本方案 生物素标记探针的化学发光检测
3.16.2 备择方案 地高辛标记探针的化学发光检测
3.16.3 辅助方案 紫外光源的标准化
第4 章 RNA 的制备和分析
４.１ 异硫氰酸胍法制备总RNA
4.1.1 基本方案 从组织或培养细胞中一步法分离RNA
4.1.2 备择方案1 CsCl 法纯化从培养细胞中提取的RNA
4.1.3 备择方案2 CsCl 纯化组织RNA
４.２ 酚／SDS 法制备植物RNA
基本方案
４.３ 制备细菌RNA
4.3.1 基本方案1 从革兰氏阴性菌中分离高质量的RNA
4.3.2 备择方案 从革兰氏阴性菌中快速分离RNA
4.3.3 基本方案2 从革兰氏阳性菌分离RNA
４.４ poly（A） <sup>＋</sup> RNA 的制备
基本方案
４.５ 用单链DNA 探针进行<sub>m</sub>RNA 的S１ 核酸酶作图分析
4.5.1 基本方案 用M13 模板进行mRNA 的S1 作图
4.5.2 备择方案1 从双链质粒模板合成单链探针
4.5.3 备择方案2 用寡核苷酸探针进行mRNA 的定量S1 分析
4.5.4 辅助方案 S1 核酸酶mRNA 定量分析的控制（参数）
４.６ 核酸酶保护试验
4.6.1 基本方案
4.6.2 辅助方案1 模板DNA 的制备
4.6.3 辅助方案2 RNA 探针的胶提纯
４.７ 引物延伸
基本方案
４.８ RNA 的Northern 印迹和狭线杂交分析
4.8.1 基本方案 甲醛琼脂糖凝胶电泳分离RNA 的Northern 杂交
4.8.2 备择方案1 经乙二醛／二甲基亚砜处理的变性RNA Northern 杂交
4.8.3 备择方案2 经狭线印迹固定的未分级RNA 样品的Northern 杂交
4.8.4 辅助方案 Northern 印迹探针的除去
４.９ 鉴定新转录的RNA
4.9.1 基本方案 在哺乳动物细胞中的核失控转录
4.9.2 备择方案1 用杜恩斯匀浆器分离细胞核
4.9.3 备择方案2 蔗糖梯度离心分离细胞核
4.9.4 辅助方案 制备用于核失控转录实验的硝酸纤维素膜
第5 章 重组DNA 文库的构建
５.１ 基因组DNA 文库概述
5.1.1 代表性与随机性
5.1.2 亚基因组文库
5.1.3 基因组DNA 文库载体
５.２ <sub>c</sub>DNA 文库概述
５.３ 噬菌体文库的扩增
基本方案
５.４ 黏粒和质粒文库的扩增
基本方案
第6 章 重组DNA 文库的筛选
６.１ 噬菌体文库的铺平板和转移
基本方案 噬菌体文库的铺平板和转移
６.２ 黏粒及质粒文库的铺平板和转移
基本方案 黏粒及质粒文库的铺平板和转移
６.３ 应用DNA 片段作探针
6.3.1 基本方案 在甲酰胺溶液中杂交
6.3.2 备择方案 在水溶液中杂交
６.４ 使用合成寡核苷酸作探针
6.4.1 基本方案 在氯化钠／柠檬酸钠溶液（SSC） 中杂交
6.4.2 备择方案 在氯化四甲铵（TMAC） 中杂交
6.4.3 辅助方案 混合寡核苷酸5′端标记
６.５ 噬菌体克隆的纯化
基本方案
６.６ 黏粒和质粒克隆的纯化
基本方案
６.７ 在λ 噬菌体噬斑中产生的融合蛋白的免疫筛选
6.7.1 基本方案 用抗体筛选λgt11 表达文库
6.7.2 备择方案 在抗体筛选之前用IPTG 诱导融合蛋白表达
６.８ 在杂交选择和翻译后进行的免疫筛选
基本方案
６.９ 用单克隆抗体表达克隆
6.9.1 基本方案 分离编码细胞表面抗原的cDNA 克隆
6.9.2 辅助方案1 抗体包被平板的制备
6.9.3 备择方案 分离编码细胞内抗原的<sub>c</sub>DNA 克隆
6.9.4 辅助方案2 制备聚偏二乙烯膜包裹的平板
６.１０ 基于重组方法（RBA） 以筛选λ 噬菌体文库
基本方案
第7 章 DNA 序列测定
双脱氧（Sanger） 测序法
化学（Maxam-Gilbert） 测序法
双脱氧法或化学测序法的选择
放射性标记测序反应的替代
其他测序技术的进展
计算机分析
７.１ DNA 测序策略
7.1.1 双脱氧测序
7.1.2 化学测序
７.２ 构建用于DNA 测序的嵌套式缺失体
7.2.1 基本方案1 用外切酶III 构建单向缺失突变体
7.2.2 备选方案 用［α-<sup>35</sup> S］ dNTP 使DNA 免于外切酶III 消化
7.2.3 基本方案2 用Bal 31 核酸酶构建嵌套式缺失突变体
７.３ 制备DNA 测序模板
7.3.1 基本方案1 制备单链M13 噬菌体DNA
7.3.2 基本方案2 从小量裂解物中制备λ 噬菌体DNA
7.3.3 基本方案3 小量制备用于化学测序的重组pSP64CS 或pSP65CS 质粒DNA
7.3.4 基本方案4 小量制备用于双脱氧测序的双链质粒DNA
7.3.5 基本方案5 用于双脱氧测序的双链质粒或λ 噬菌体DNA 的碱变性
7.3.6 基本方案6 制备用于热循环测序质粒或噬菌体DNA
７.４ 双脱氧法DNA 测序
7.4.1 基本方案1 用测序酶（经修饰的T7 噬菌体DNA 聚合酶） 进行标记／终止测序反应
7.4.2 备择方案1 使用测序酶和Mn<sup>2 ＋</sup> 的标记／终止测序反应
7.4.3 备择方案2 使用Taq DNA 聚合酶进行Sanger 测序反应
7.4.4 备择方案3 用5′端标记引物进行一步法测序反应
7.4.5 基本方案2 用α-标记核苷酸进行热循环测序反应
7.4.6 备择方案4 用5′端标记引物进行热循环测序反应
7.4.7 备择方案5 使用荧光染料标记的引物和终止物进行循环测序
７.５ 化学发光双脱氧DNA 测序法
7.5.1 基本方案 利用生物素标记引物的化学发光DNA 测序法
7.5.2 备择方案1 链霉亲和素和生物素酰化碱性磷酸酶两步检测法（间接法）
7.5.3 备择方案2 用半抗原标记引物进行测序并用抗体碱性磷酸酶偶联物检测
７.６ 化学测序法
7.6.1 基本方案 用<sup>32</sup> P 标记的DNA 进行化学测序
7.6.2 辅助方案 Tth111I 消化和末端标记
７.７ 用于测序的变性凝胶电泳
7.7.1 基本方案 测序胶的灌制、电泳及处理
7.7.2 备择方案1 缓冲液梯度测序胶
7.7.3 备择方案2 电解质梯度测序胶
7.7.4 备择方案3 含甲酰胺的测序胶
第8 章 克隆化DNA 的诱变
８.１ 用简并寡核苷酸在小段DNA 序列中产生大量突变
基本方案
８.２ 基因合成：用互为引物的长段寡核苷酸组合目的序列
基本方案
８.３ PCR 介导的随机突变
8.3.1 基本方案 DNA 序列的突变
8.3.2 备择方案 一个序列文库的突变
８.４ DNA 的接头分区诱变
基本方案
８.５ PCR 介导的诱变
8.5.1 基本方案1 通过PCR 引入限制酶切位点
8.5.2 基本方案2 利用PCR 引入点突变
8.5.3 备择方案 通过连续PCR 引入点突变
第9 章 DNA 导入哺乳动物细胞
转染方法的选择
优化转染条件
病毒载体
哺乳动物细胞培养
９.１ 磷酸钙转染法
9.1.1 基本方案 磷酸钙唱DNA 在HEPES 中形成沉淀的转染方法
9.1.2 辅助方案 哺乳动物细胞的甘油／二甲基亚砜休克
9.1.3 备择方案 在BES 中形成的磷酸钙-DNA 沉淀高效转染
９.２ DEAE-葡聚糖转染
9.2.1 基本方案 DEAE-葡聚糖转染法的基本操作程序
9.2.2 备择方案 样本实验： 检测酶的结构／活性关系
９.３ 电穿孔转染法
9.3.1 基本方案 电穿孔法转染哺乳动物细胞
9.3.2 备择方案 植物原生质体细胞的电穿孔转染
９.４ 阳离子脂质体介导的真核细胞转染
9.4.1 基本方案1 阳离子脂质体介导DNA 的哺乳动物贴壁细胞转染
9.4.2 备择方案 阳离子增强脂质体介导DNA 的哺乳动物贴壁细胞转染
9.4.3 基本方案2 阳离子脂质体介导DNA 的悬浮细胞转染
9.4.4 基本方案3 阳离子脂质体介导RNA 的贴壁细胞转染
9.4.5 基本方案4 阳离子脂质体介导杆状病毒DNA 的Sf9 和Sf21 昆虫贴壁细胞转染
9.4.6 辅助方案 阳离子脂质体转染优化条件的微调
９.５ 转染哺乳动物细胞的选择
9.5.1 策略安排
9.5.2 基本方案1 哺乳动物细胞的稳定转染
9.5.3 基本方案2 哺乳动物细胞的选择标记
９.６ 遗传报道基因系统概述
9.6.1 报道载体的设计
9.6.2 体外报道分子分析方法
９.７ 报道基因活性的同位素分析方法
9.7.1 基本方案1 CAT 活性的色谱分析法
9.7.2 备择方案1 原位裂解细胞的CAT 分析方法
9.7.3 备择方案2 CAT 活性的相抽提分析法
9.7.4 基本方案2 人生长激素的放射免疫分析法
９.８ 非同位素分析报道基因活性
9.8.1 基本方案1 萤火虫萤光素酶报道基因分析
9.8.2 备择方案 冻融裂解的细胞的萤光素酶分析
9.8.3 基本方案2 β-半乳糖苷酶报道基因的化学发光分析
９.９ 用维多利亚水母绿色荧光蛋白（GFP） 研究体内蛋白动力学
9.9.1 GFP 的应用
9.9.2 GFP 的问题
9.9.3 GFP 突变体
9.9.4 显微镜设置
９.１０ 逆转录病毒转导系统概述
9.10.1 逆转录病毒生活周期
9.10.2 有复制能力的载体
9.10.3 无复制能力的载体
9.10.4 包装细胞系和病毒的产生
9.10.5 鼠逆转录病毒
9.10.6 禽逆转录病毒
9.10.7 安全性问题
９.１１ 建立特异的逆转录病毒产毒细胞系
9.11.1 基本方案 将逆转录病毒载体导入包装细胞系
9.11.2 基本方案2 测定病毒滴度： 高滴度产病毒细胞克隆的鉴定分离
9.11.3 备择方案 产毒克隆的快速评价
9.11.4 辅助方案 培养细胞的X-gal 染色
９.１２ 制备高滴度逆转录病毒上清的瞬时转染方法
9.12.1 基本方案1 将逆转录病毒载体瞬时转染入293 细胞系
9.12.2 辅助方案 293 细胞的生长和保存
9.12.3 基本方案2 用逆转录病毒上清感染贴壁细胞
9.12.4 备择方案1 旋转感染法感染贴壁细胞
9.12.5 基本方案3 用逆转录病毒上清感染非贴壁细胞
9.12.6 备择方案2 共培养感染非贴壁细胞
9.12.7 备择方案3 旋转感染法感染非贴壁细胞
９.１３ 大规模制备和浓缩逆转录病毒原液
9.13.1 基本方案 用离心法制备和浓缩病毒原液
9.13.2 备择方案1 用聚乙二醇沉淀及层析法浓缩病毒
9.13.3 备择方案2 用分子质量截留滤膜进行浓缩
９.１４ 逆转录病毒原液中辅助病毒的检测
9.14.1 基本方案 通过药物抗性的水平传播鉴定辅助病毒
9.14.2 备择方案1 用原病毒检测具复制能力的逆转录病毒
9.14.3 备择方案2 用逆转录酶分析法检测辅助病毒
９.１５ 用逆转录病毒在体外及体内感染细胞
体外细胞感染
第10 章 蛋白质分析
蛋白质分类
蛋白质纯化流程图
１０.１ 分光光度分析法和比色法测定蛋白质浓度
10.1.1 基本方案1 应用A280 来测定蛋白质浓度
10.1.2 基本方案2 应用Bradford 法测定蛋白质浓度
１０.２ 定量氨基酸的分析
10.2.1 样品准备
10.2.2 计算平均组成
１０.３ 蛋白质的单向SDS 凝胶电泳
10.3.1 电与电泳
10.3.2 安全性考虑
10.3.3 欧姆定律和电泳
10.3.4 基本方案1 变性（SDS） 不连续凝胶电泳： Laemmli 凝胶法
10.3.5 备择方案1 Tris-tricine 缓冲液系统的PAGE 电泳
10.3.6 备择方案2 在无尿素条件下用Tris 缓冲液分离多肽
10.3.7 备择方案3 连续SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳
10.3.8 备择方案4 超薄凝胶的PAGE
10.3.9 辅助方案1 一次灌制多块单一浓度凝胶
10.3.10 备择方案5 在梯度凝胶中分离蛋白质
10.3.11 辅助方案2 一次灌制多块梯度胶
10.3.12 基本方案2 在单一浓度的微型凝胶上电泳
10.3.13 辅助方案3 制备多块梯度胶
１０.４ 使用O摧Farrell 系统的双向凝胶电泳
10.4.1 基本方案1 第一向凝胶（等电聚焦）
10.4.2 备择方案1 极端碱性、酸性蛋白质的等电聚焦
10.4.3 基本方案2 第二向凝胶
10.4.4 备择方案2 小型凝胶双向电泳
10.4.5 辅助方案 组织来源的蛋白质样品的溶解和制备
１０.５ 凝胶中蛋白质的染色
10.5.1 基本方案1 考马斯亮蓝染色
10.5.2 备择方案1 考马斯亮蓝快染
10.5.3 基本方案2 银染法
10.5.4 备择方案2 非氨盐银染法
10.5.5 基本方案3 快速银染法
10.5.6 辅助方案1 考马斯亮蓝和银染染色的凝胶拍照
10.5.7 基本方案3 荧光染色
10.5.8 备择方案4 非变性胶的荧光染色
10.5.9 辅助方案2 荧光染色胶的拍照
１０.６ 免疫印迹和免疫检测
10.6.1 基本方案1 用转移槽转印蛋白质
10.6.2 备择方案1 用半干转移系统转印蛋白质
10.6.3 备择方案2 染色凝胶的印迹
10.6.4 辅助方案1 转印蛋白的可逆染色
10.6.5 基本方案2 用第二抗体偶联物进行免疫检测
10.6.6 备择方案3 用亲和素生物素偶联的第二抗体进行免疫检测
10.6.7 基本方案3 用发色底物显迹
10.6.8 备择方案4 用发光底物显迹
10.6.9 辅助方案2 膜的清洗和再使用
１０.７ 凝胶过滤层析
10.7.1 基本方案1 脱盐（组分分离）
10.7.2 基本方案2 蛋白质的分级
10.7.3 基本方案3 分子大小的测定
10.7.4 辅助方案 柱校正
１０.８ 离子交换层析
10.8.1 设计策略
10.8.2 基本方案1 批式吸附和增加盐浓度的阶段梯度洗脱
10.8.3 基本方案2 线性梯度洗脱的柱层析
10.8.4 辅助方案 进行小试确定离子交换层析的起始条件
１０.９ 免疫亲和层析
10.9.1 基本方案 可溶性或膜结合抗原的分离
10.9.2 备择方案1 抗原的批式纯化
10.9.3 备择方案2 低pH 洗脱抗原
１０.１０ 金属螯合亲和层析
10.10.1 基本方案 天然MCAC 对可溶性组氨酸尾融合蛋白的纯化
10.10.2 备择方案1 变性条件下用MCAC纯化带组氨酸尾的不溶性融合蛋白
10.10.3 备择方案2 MCAC 纯化蛋白质的固相复性
10.10.4 辅助方案 NTA 介质的再生
１０.１１ 多肽和蛋白质的HPLC ： 准备工作和系统组装
10.11.1 多肽和蛋白质的属性及其在HPLC 方法发展的应用
10.11.2 HPLC 中多肽和蛋白质的检测
10.11.3 起始程序
10.11.4 样品的准备
10.11.5 准备流动相
10.11.6 组装HPLC 装置
10.11.7 用洗脱液活化泵和低压线
10.11.8 HPLC 系统的准备
10.11.9 HPLC 系统的梯度延滞（滞留体积）
10.11.10 和柱连接
10.11.11 给HPLC 装置设计程序
10.11.12 注射样品
10.11.13 检测功能性HPLC 系统
10.11.14 日志
１０.１２ 多肽和蛋白质的HPLC ： 标准操作条件
10.12.1 HP-SEC 的标准操作条件
10.12.2 HP-NPC 的标准操作条件
10.12.3 HP-HIC 的标准操作条件
10.12.4 HP-IEX 的标准操作条件
10.12.5 HP-HILIC 的标准操作条件
10.12.6 HP-IMAC 的标准操作条件
10.12.7 HP-BAC 的标准操作条件
10.12.8 RP-HPLC 的标准操作条件
10.12.9 用RP-HPLC 技术对多肽和蛋白质混合物脱盐
１０.１３ 肽的反相分离
10.13.1 基本方案1 5-500PMOL 水平肽的反相分离
10.13.2 基本方案2 不超过5 pmol 肽的反相分离
10.13.3 辅助方案 毛细管HPLC 系统的装配
１０.１４ 通过表位标签纯化重组蛋白研究蛋白质互相作用
基本方案 带表位标签重组蛋白的免疫沉淀
１０.１５ 免疫沉淀
10.15.1 基本方案1 用非变性去垢剂溶液裂解的悬浮细胞的免疫沉淀
10.15.2 备择方案1 用非变性去垢剂溶液裂解的贴壁细胞的免疫沉淀
10.15.3 备择方案2 用变性去垢剂裂解的细胞的免疫沉淀
10.15.4 备择方案3 不用去垢剂裂解的细胞的免疫沉淀
10.15.5 备择方案4 用抗体-Sepharose 偶联物免疫沉淀
10.15.6 辅助方案 制备抗体-Sepharose 偶联物
10.15.7 备择方案5 用抗Ig 血清免疫沉淀放射性标记抗原
10.15.8 基本方案2 免疫沉淀-重俘获
１０.１６ 克隆化基因的体外转录和翻译
基本方案
１０.１７ 氨基酸代谢标记
10.17.1 ［<sup>35</sup> S］ 标记复合物操作的安全预防
10.17.2 基本方案 ［<sup>35</sup> S］ 标记甲硫氨酸对悬浮培养细胞的脉冲标记
10.17.3 备择方案1 贴壁细胞的［<sup>35</sup> S］ 甲硫氨酸脉冲标记
10.17.4 备择方案2 ［<sup>35</sup> S］ 甲硫氨酸脉冲示踪标记细胞
10.17.5 备择方案3 ［<sup>35</sup> S］ 甲硫氨酸的长期细胞标记
10.17.6 备择方案4 用其他放射性标记的氨基酸进行代谢标记
10.17.7 辅助方案 TCA 沉淀测定标记掺入量
１０.１８ 分离蛋白质用于微量序列分析
10.18.1 基本方案1 测定通过SDS-PAGE 转移到PVDF 膜上样品的氨基酸序列
10.18.2 辅助方案 准备SDS-PAGE 蛋白质样品
10.18.3 基本方案2 测定N 端封闭蛋白质的内部序列
１０.１９ 蛋白质和多肽的毛细管电泳
10.19.1 使用仪器
10.19.2 战略计划
10.19.3 基本方案1 等电点聚焦分离蛋白质
10.19.4 基本方案2 蛋白质的分离
10.19.5 基本方案3 解析多肽的分离
10.19.6 基本方案4 微量制备毛细管电泳： 多次分离
10.19.7 备择方案 微量制备毛细管电泳： 单次分离
第11 章 免 疫 学
１１.１ 酶与抗体的偶联
11.1.1 基本方案 辣根过氧化物酶HRPO 与抗体的偶联
11.1.2 备择方案 碱性磷酸酶与抗体的偶联
１１.２ 酶联免疫吸附分析（ELISA）
11.2.1 基本方案 间接ELISA 法检测特异性抗体
11.2.2 备择方案1 直接竞争ELISA 法检测可溶性抗原
11.2.3 备择方案2 抗体夹心ELASA 法检测可溶性抗原
11.2.4 备择方案3 双抗体夹心ELISA 检测特异性抗体
11.2.5 备择方案4 直接细胞ELISA 法检测细胞表面抗原
11.2.6 备择方案5 间接细胞ELISA 法检测对表面抗原具有特异性的抗体
11.2.7 辅助方案1 正交连续稀释法确定最佳试剂浓度
11.2.8 辅助方案2 制备细菌裂解物抗原
１１.３ 老鼠的免疫
11.3.1 基本方案 制备免疫脾细胞： 用可溶性抗原致敏
11.3.2 备择方案1 用复合抗原（膜、整个细胞和微生物） 进行免疫
11.3.3 备择方案2 用电泳分离的抗原进行免疫
１１.４ 单克隆抗体上清和腹水的制备
11.4.1 基本方案1 单克隆抗体上清的制备
11.4.2 备择方案1 单克隆抗体上清的大量制备
11.4.3 备择方案2 大量制备杂交瘤或细胞系
11.4.4 基本方案2 含单克隆抗体的腹水的制备
１１.５ 单克隆抗体的纯化
11.5.1 基本方案 用蛋白A-琼脂糖进行纯化
11.5.2 备择方案1 蛋白A-琼脂糖的备择缓冲液系统
11.5.3 备择方案2 用抗原-葡聚糖和抗鼠Ig-葡聚糖进行纯化
１１.６ 多克隆抗血清的制备
11.6.1 基本方案 用弗氏佐剂免疫制备多克隆抗体
11. 6.2 备择方案 应用其他佐剂制备多克隆抗血清
11.6.3 辅助方案 由全血制备血清
１１.７ 从抗血清、腹水或杂交瘤上清液中纯化免疫球蛋白G 组分
11.7.1 基本方案 用饱和硫酸铵沉淀IgG
11.7.2 备择方案 用DEAE-Affi-Gel Blue 层析法分级分离IgG
１１.８ 免疫原性肽的选择
１１.９ 抗肽抗体的制备
11.9.1 基本方案 通过化学偶联法用MBS 将合成肽偶联到载体蛋白上
11.9.2 备择方案 用戊二醛将合成肽通过化学偶联法交联到载体蛋白上
第12 章 DNA-蛋白质相互作用
１２.１ 从哺乳动物细胞中制备核和细胞质提取物
12.1.1 基本方案 核提取物的制备
12.1.2 辅助方案1 细胞核提取方法的优化
12.1.3 辅助方案2 细胞质（S-100） 组分的制备
１２.２ DNA 结合在凝胶电泳中的迁移率变动分析
12.2.1 基本方案 迁移率变动分析
12.2.2 备择方案1 竞争迁移率变动分析
12.2.3 备择方案2 抗体超变动分析
12.2.4 备择方案3 多元迁移率变动分析
１２.３ 用来分析蛋白质-DNA 相互作用的甲基化和尿嘧啶干扰分析法
12.3.1 基本方案1 甲基化干扰分析法
12.3.2 基本方案2 尿嘧啶干扰分析法
１２.４ DNA 酶I 足迹分析法
12.4.1 基本方案 DNA 酶I 足迹滴定
12.4.2 辅助方案 用光密度及数值分析法决定蛋白质结合的平衡常数
12.4.3 辅助方案 粗制品的DNA 酶足迹分析法
１２.５ 蛋白质与核酸的紫外交联
12.5.1 基本方案 用溴脱氧尿苷（BrdU） 取代的探针进行紫外交联
12.5.2 备择方案1 用非溴脱氧尿苷（BrdU） 取代的探针进行紫外交联
12.5.3 备择方案2 原位紫外交联
１２.６ 用生物素／链霉亲和素亲和系统纯化DNA 结合蛋白
12.6.1 基本方案 用生物素／链霉亲和素亲和系统纯化DNA 结合蛋白
12.6.2 备择方案1 用微型柱进行纯化
12.6.3 备择方案2 用链霉亲和素琼脂糖进行纯化
１２.７ 编码DNA 结合蛋白的cDNA 克隆的检测、纯化和鉴定
12.7.1 基本方案 用位点识别DNA 筛选λgt11 表达文库
12.7.2 备择方案 用盐酸胍进行干燥膜的变性／复性循环
12.7.3 辅助方案 从重组溶源菌中制备粗提物鉴定DNA 结合蛋白的活性
１２.８ 用克隆化基因在体外合成的蛋白质分析DNA-蛋白质相互作用
基本方案
１２.９ 序列特异性DNA 结合蛋白的亲和层析纯化
12.9.1 基本方案1 DNA 亲和介质的制备
12.9.2 备择方案 将DNA 偶联于溴化氰活化的琼脂糖上
12.9.3 辅助方案1 用制备性凝胶电泳纯化寡核苷酸
12.9.4 基本方案2 DNA 亲和层析法
12.9.5 辅助方案2 非特异竞争性DNA 的选择和制备
１２.１０ PCR 辅助的结合位点选择确定蛋白质-DNA 序列的特异性
12.10.1 基本方案
12.10.2 备择方案 从迁移率变动凝胶中分离和分析结合的寡核苷酸
第13 章 酿酒酵母
１３.１ 酵母菌培养基的制备
13.1.1 液体培养基
13.1.2 固体培养基
13.1.3 菌株的保存与复苏
１３.２ 酵母菌的培养与操作
13.2.1 基本方案1 液体培养基培养
13.2.2 基本方案2 固体培养基培养
13.2.3 基本方案3 细胞密度检测
13.2.4 基本方案4 影印平板检测酵母菌表型
13.2.5 基本方案5 交配型的确定
13.2.6 菌株的构建和四分体孢子的分析
13.2.7 辅助方案 解剖针的制作
13.2.8 备择方案 随机孢子分析
１３.３ 酵母菌基因组转座子的诱变
13.3.1 战略计划
13.3.2 基本方案 利用mTn 诱变文库DNA 得到酵母菌突变体
13.3.3 辅助方案1 小载体聚合酶链反应
13.3.4 辅助方案2 mTn 诱变基因产物的表位标记
１３.４ 酵母菌载体与克隆基因表达产物的检测
13.4.1 基本方案1 构建lacZ 融合载体研究酵母菌基因调控
13.4.2 基本方案2 β-半乳糖苷酶在液体培养基中的检测
13.4.3 备择方案 利用滤纸提取检测法筛选表达β-半乳糖苷酶的酵母菌落
１３.５ 将DNA 导入酵母细胞
13.5.1 基本方案 乙酸锂转化
13.5.2 备择方案 电穿孔转化
13.5.3 辅助方案 单链高分子质量载体DNA 的制备
１３.６ 利用互补作用克隆酵母菌基因
基本方案
１３.７ 酵母细胞中质粒的加工
13.7.1 基本方案1 从酵母细胞中分离质粒
13.7.2 基本方案2 穿梭质粒
13.7.3 基本方案3 定位突变质粒缺口修复技术和等位基因修复技术
１３.８ 克隆化酵母DNA 的加工
13.8.1 基本方案1 整合性转化
13.8.2 基因置换技术
13.8.3 基本方案5 一步整合置换产生修饰基因
13.8.4 备择方案2 通过移换产生修饰基因
13.8.5 基本方案6 通过铜诱导双重关闭技术产生条件等位基因
１３.９ 酵母DNA 的制备
13.9.1 基本方案 从酵母菌中快速分离质粒DNA
13.9.2 备择方案 酵母染色体DNA 的快速分离
１３.１０ 酵母菌RNA 的制备
13.10.1 基本方案 热酸性酚抽提法制备酵母RNA
13.10.2 备择方案1 玻璃珠制备RNA
13.10.3 备择方案2 poly （A）<sup>＋</sup> RNA 的制备
１３.１１ 制备酵母蛋白抽提物
13.11.1 基本方案 原生质球制备及裂解
13.11.2 辅助方案 差速离心法制备细胞核
13.11.3 备择方案1 玻璃珠破细胞法
13.11.4 备择方案2 液氮破细胞法
第14 章 原位杂交和免疫组织化学
１４.１ 组织、胚胎及单细胞的固定、包埋及切片
14.1.1 基本方案 组织和胚胎的多聚甲醛固定及石蜡包埋
14.1.2 备择方案 悬浮及培养细胞的PFA 固定
14.1.3 辅助方案1 成年小鼠的灌注
14.1.4 辅助方案2 蜡块中样本的切片
14.1.5 辅助方案3 包被载玻片的制备
１４.２ 冰冻切片
14.2.1 基本方案 样本制备及切片
14.2.2 辅助方案1 用于原位杂交的冰冻切片的固定
14.2.3 辅助方案2 组织固定和蔗糖灌注
１４.３ 细胞RNA 的原位杂交
14.3.1 基本方案 细胞的石蜡切片杂交实验
14.3.2 备择方案 冰冻切片的杂交
14.3.3 辅助方案1 合成<sup>35</sup> S-标记的核糖核酸探针
14.3.4 辅助方案2 <sup>35</sup> S 标记的双链DNA 探针的合成
１４.４ 杂交探针的检测
14.4.1 基本方案1 胶片放射自显影
14.4.2 基本方案2 乳胶放射自显影
14.4.3 辅助方案 放射自显影用稀释乳胶的制备
第15 章 聚合酶链反应（PCR）
１５.１ PCR 扩增DNA ： 标准程序和优化
基本方案 PCR 扩增DNA ： 标准程序和优化
１５.２ 利用PCR 产物直接进行DNA 序列测定
15.2.1 基本方案1 不对称PCR 产生的单链产物的双脱氧测序
15.2.2 备择方案1 单引物重复扩增制备单链模板以用于双脱氧测序
15.2.3 备择方案2 制备用于双脱氧测序的双链PCR 产物
15.2.4 备择方案3 用λ 噬菌体外切核酸酶消化双链PCR 产物得到单链进行双脱氧测序
15.2.5 基本方案2 用于化学测序的PCR 产物的标记
15.2.6 备择方案4 PCR 产物的基因组测序
１５.３ 用于基因组测序及足迹分析的连接介导PCR
15.3.1 基本方案 连接介导的单侧PCR
15.3.2 辅助方案1 从单层细胞制备用于DMS 足迹分析的基因组DNA
15.3.3 辅助方案2 从悬浮细胞中制备用于DMS 足迹分析的基因组DNA
15.3.4 辅助方案3 用于化学测序的基因组DNA 的制备
１５.４ PCR 产物的分子克隆
15.4.1 基本方案 产生T-A 凸出端
15.4.2 备择方案 产生半位点
１５.５ PCR 扩增RNA （RT-PCR）
15.5.1 基本方案 在最适条件下进行RNA 的PCR 扩增
15.5.2 备择方案1 避免长时间的共沉淀及复性步骤的方法
15.5.3 备择方案2 将cDNA 直接用于扩增步骤
15.5.4 辅助方案 粗制RNA 的快速提取
１５.６ 利用单侧PCR （锚式PCR） 进行cDNA 扩增
15.6.1 基本方案1 扩增已知序列的下游（3′端） 区段
15..6.2 基本方案2 扩增已知序列上游（5′端） 区段
１５.７ 通过PCR 方法对微量DNA 进行定量分析
基本方案
第16 章 蛋白质的表达
１６.１ 蛋白质在大肠杆菌中的表达概述
１６.２ T７ 噬菌体RNA 聚合酶／启动子表达系统
16.2.1 基本方案 用双质粒系统进行表达
16.2.2 备择方案1 质粒编码蛋白的选择性标记
16.2.3 备择方案2 通过M13 噬菌体mGP1-2 感染的表达
１６.３ 融合蛋白载体表达概述
１６.４ 融合蛋白的酶解和化学裂解
16.4.1 基本方案1 用Xa 因子进行融合蛋白的酶解
16.4.2 辅助方案 用Xa 因子进行变性融合蛋白的裂解
16.4.3 备择方案1 用凝血酶进行融合蛋白的酶解
16.4.4 备择方案2 与分离介质结合的GST 融合蛋白的酶解
16.4.5 备择方案3 用肠激酶进行融合蛋白的酶解
16.4.6 基本方案2 用溴化氰对融合蛋白进行化学降解
16.4.7 备择方案4 用羟胺化学裂解融合蛋白
16.4.8 备择方案5 低pH 下水解融合蛋白进行化学裂解
１６.５ 谷胱甘肽-S-转移酶融合蛋白的表达及纯化
基本方案 谷胱甘肽-S-转移酶融合蛋白的表达及纯化
１６.６ 硫氧还蛋白融合蛋白的表达和纯化
16.6.1 基本方案 硫氧还蛋白融合蛋白的构建和表达
16.6.2 辅助方案1 用弗氏细胞压碎器裂解大肠杆菌
16.6.3 辅助方案2 硫氧还蛋白融合蛋白的渗透性释放
16.6.4 辅助方案3 用热处理纯化硫氧还蛋白
１６.７ 杆状病毒表达系统的概述
杆状病毒表达系统
昆虫细胞中蛋白质的翻译后修饰
用杆状病毒表达系统超量表达蛋白质的步骤
选择杆状病毒转移载体
１６.８ 昆虫细胞培养的保存及重组杆状病毒的产生
16.8.1 基本方案1 昆虫细胞的保存和培养
16.8.2 基本方案2 用线性化杆状病毒DNA 共转染昆虫细胞
16.8.3 备择方案 用野生型杆状病毒DNA 共转染产生重组病毒
16.8.4 基本方案3 杆状病毒储液的制备
16.8.5 基本方案4 用噬斑试验测定病毒储液的滴度
１６.９ 用杆状病毒系统表达和纯化重组蛋白
16.9.1 基本方案1 用于最初分析的小规模表达
16.9.2 辅助方案1 蛋白质生产高峰期的确定
16.9.3 辅助方案2 重组蛋白的代谢标记
16.9.4 基本方案2 重组蛋白的大规模生产
16.9.5 基本方案3 含有多聚组氨酸（6 × His） 标签重组蛋白的纯化
16.9.6 备择方案 含有GST 标签重组蛋白的纯化
１６.１０ 概述： 蛋白质在哺乳动物细胞中表达
16.10.1 病毒介导的基因转移
16.10.2 瞬时表达
１６.１１ 用COS 细胞瞬时表达蛋白质
基本方案
１６.１２ 痘苗病毒表达系统概述
１６.１３ 细胞系和痘苗病毒储液的制备
16.13.1 基本方案1 贴壁细胞的培养
16.13.2 基本方案2 悬浮细胞的培养
16.13.3 基本方案3 痘苗病毒储液的制备
16.13.4 辅助方案1 噬斑分析测定痘苗病毒储液的滴度
16.13.5 基本方案4 鸡胚成纤维细胞的制备
16.13.6 基本方案5 MVA 病毒储液的制备
16.13.7 辅助方案2 用免疫染色法滴定MVA 病毒
１６.１４ 重组痘苗病毒的制备
16.14.1 基本方案1 痘苗载体转染（痘苗病毒） 感染的细胞
16.14.2 辅助方案1 痘苗病毒的纯化
16.14.3 辅助方案2 痘苗病毒DNA 的提取
16.14.4 基本方案2 筛选重组病毒噬斑
16.14.5 基本方案3 噬斑扩增
16.14.6 基本方案4 重组MVA 的活体免疫染色
16.14.7 辅助方案3 用刀豆蛋白A 包被组织培养板
１６.１５ 重组痘苗病毒及其产物的鉴定
16.15.1 基本方案1 应用PCR 方法检测痘苗DNA
16.15.2 基本方案2 应用Southern 杂交检测痘苗病毒DNA
16.15.3 基本方案3 应用斑点杂交检测痘苗病毒DNA
16.15.4 备择方案 应用点印迹检测表达的蛋白质
16.15.5 基本方案4 应用免疫印迹检测表达蛋白
16.15.6 基本方案5 应用免疫沉淀检测表达蛋白
１６.１６ 用痘苗病毒／ T７ RNA 聚合酶系统表达基因
16.16.1 基本方案1 重组痘苗病毒（vTF7-3） 感染后的脂质体转染
16.16.2 基本方案2 两种重组痘苗病毒共感染细胞
16.16.3 基本方案3 单病毒感染OST7-1 细胞
16.16.4 基本方案4 利用VOTE 系统进行基因表达
16.16.5 辅助方案 脉冲标记检测表达的蛋白质
１６.１７ 自主调节的四环素控制系统诱导基因表达
16.17.1 基本方案 磷酸钙介导的pTet-tTAK 稳定转染NIH3T3 细胞和四环素调控的靶质粒
16.17.2 辅助方案 分析目的基因的蛋白质表达
１６.１８ 从哺乳动物细胞中表达和纯化抗原决定簇标记的多亚基蛋白复合体
16.18.1 基本方案1 从组成型表达FLAG 标记蛋白的克隆化细胞系中纯化多亚基蛋白复合物
16.18.2 基本方案2 从条件性表达FLAG 标记蛋白的克隆化细胞系中纯化多亚基蛋白复合体
16.18.3 备择方案 变化起始材料和洗脱条件纯化抗原表位标记蛋白复合体的多种形式
16.18.4 辅助方案 用P11 离子交换层析柱纯化多种形式的抗原表位标记的蛋白复合体
第17 章 蛋白质磷酸化的分析
１７.１ 蛋白质磷酸化概述
１７.２ ３２Pi 标记培养细胞和制备用于免疫沉淀的细胞裂解物
17.2.1 基本方案 培养细胞的32 Pi标记和温和去垢剂裂解法
17.2.2 备择方案 SDS 煮沸法裂解细胞
１７.３ 磷酸氨基酸分析
17.3.1 基本方案 磷酸氨基酸的酸水解和双向电泳分析
17.3.2 备择方案 碱处理提高转移至滤膜上的含磷酸酪氨酸和磷酸苏氨酸的蛋白质的检测灵敏度
１７.４ 分析非标记蛋白质的磷酸化作用
17.4.1 基本方案1 用抗磷酸酪氨酸抗体和 标记蛋白A 进行免疫印迹分析
17.4.2 备择方案 用增强化学发光法（ECL） 检测结合的抗体
17.4.3 基本方案2 磷酸酶消化法鉴定磷酸化的蛋白质
１７.５ 酶法检测磷酸化作用
17.5.1 基本方案1 用非特异酸性磷酸酶消化磷酸蛋白质
17.5.2 备择方案1 用非特异碱性磷酸酶消化磷酸蛋白质
17.5.3 基本方案2 用丝氨酸／苏氨酸蛋白磷酸酶消化磷酸蛋白质
17.5.4 备择方案2 用酪氨酸磷酸酶消化磷酸蛋白质
17.5.5 辅助方案 离解 P的测量和鉴定
１７.６ 特异性识别酪氨酸磷酸化肽的抗体的制备
17.6.1 基本方案1 抗磷酸肽的多克隆抗体的制备
17.6.2 基本方案2 抗磷酸肽的单克隆抗体的制备
17.6.3 辅助方案1 肽的合成
17.6.4 辅助方案2 将肽链交联到AFFI-GEL 10 亲和介质上
17.6.5 辅助方案3 将磷酸酪氨酸交联到AFFI-GEL 10 亲和介质上
１７.７ 用外源性底物分析蛋白激酶
17.7.1 基本方案1 环核苷酸依赖性蛋白激酶的分析
17.7.2 基本方案2 蛋白激酶C 异构体的分析
17.7.3 基本方案3 用β-酪蛋白进行酪蛋白激酶的分析
17.7.4 备择方案 用多肽底物进行酪蛋白激酶的分析
17.7.5 基本方案4 Ca2 ＋钙调蛋白依赖性激酶的分析
17.7.6 基本方案5 酪氨酸激酶的分析
17.7.7 基本方案6 在凝胶中直接进行激酶的分析
17.7.8 辅助方案1 用于激酶分析的细胞裂解方案
17.7.9 辅助方案2 三氯乙酸沉淀法测定放射性物质的掺入率
17.7.10 辅助方案3 P81 磷酸纤维素膜的吸附
１７.８ 研究蛋白质磷酸化的渗透策略
17.8.1 基本方案 用渗透细胞进行蛋白磷酸化的分析
17.8.2 备择方案1 用于SDS-PAGE 的天然细胞样品制备
17.8.3 备择方案2 制备用于等电聚焦的天然细胞样品
１７.９ 磷酸肽图谱和磷酸化位点的鉴定
17.9.1 基本方案1 用SDS唱聚丙烯酰胺凝胶分离的蛋白质的胰蛋白酶磷酸肽图谱
17.9.2 备择方案 固相化蛋白质的水解消化
17.9.3 辅助方案1 从纤维素平板上提取磷酸肽
17.9.4 基本方案2 用手工EDMAN 降解法测定肽中磷酸化氨基酸的位置
17.9.5 基本方案3 第二次鉴别性消化以检测磷酸肽中特定氨基酸的存在
17.9.6 辅助方案2 用于微序列测定或质谱的磷酸肽的制备
第18 章 生物信息学
１８.１ 用BLAST 程序组进行序列相似性搜索
18.1.1 BLAST 概述
18.1.2 搜索策略
第19 章 蛋白质相互作用的分析
１９.１ 利用相互作用阱／双杂交系统鉴定相互作用蛋白
19.1.1 基本方案1 鉴定诱饵蛋白
19.1.2 基本方案2 相互作用蛋白的捕获
19.1.3 备择方案1 相互作用阱的快速筛选
19.1.4 备择方案2 通过相互作用交配进行捕获实验
19.1.5 辅助方案1 用于免疫印迹分析的蛋白质提取物的制备
19.1.6 辅助方案2 制备鲑精载体DNA
１９.２ 与GST 融合蛋白结合的蛋白质的亲和纯化
19.2.1 基本方案 GST 融合蛋白的亲和纯化
19.2.2 辅助方案 E.coli 提取物的制备
１９.３ 基于噬菌体表达克隆来确认相互作用蛋白质
基本方案 相互作用克隆
１９.４ 表面等离子共振技术
19.4.1 基本方案1 使用BIAcore 芯片的表面等离子共振
19.4.2 基本方案2 使用NTA-SAM 芯片的表面等离子共振
１９.５ 用共沉淀法检测蛋白质-蛋白质之间的相互作用
19.5.1 基本方案 用蛋白A／G-琼脂糖共沉淀蛋白
19.5.2 备择方案 用GST 融合蛋白共沉淀
１９.６ 用Far Western 分析识别蛋白质相互作用
19.6.1 基本方案 用Far Western 分析蛋白质混合物
19.6.2 备择方案1 用免疫印迹技术检测相互作用蛋白质
19.6.3 备择方案2 在Far Western blot 中用多肽检测特定的相互作用序列
第20 章 染色质的装配与分析
２０.１ 微球菌核酸酶分析染色质结构
20.1.1 基本方案1 渗透化细胞的染色质的微球菌核酸酶消化
20.1.2 基本方案2 分离的细胞核的染色质的微球菌核酸酶消化
20.1.3 基本方案3 纯化的基因组DNA 的微球菌核酸酶消化
20.1.4 辅助方案1 染色质消化得到的DNA 的纯化和鉴定
20.1.5 辅助方案2 核酸酶切割图谱分析策略
20.1.6 辅助方案3 使用改进的LM-PCR 方法在核苷酸水平上检测MNase对双链的切割
２０.２ 分离Triton／乙酸／尿素聚丙烯酰胺凝胶电泳分离组蛋白变体和翻译后修饰异构体
20.2.1 基本方案 组蛋白的Triton／乙酸／尿素聚丙烯酰胺凝胶电泳分析
20.2.2 辅助方案1 凝胶板的组装
20.2.3 辅助方案2 从制备的核中分离组蛋白
20.2.4 辅助方案3 TAU-聚丙烯酰胺凝胶的电转移
２０.３ 用免疫共沉淀的方法从总细胞抽提物中确定与染色质结合的蛋白质
基本方案 用免疫共沉淀的方法从细胞总抽提物中确定与染色质结合的蛋白质
２０.４ 从哺乳动物细胞中分离组蛋白和核小体核心
20.4.1 基本方案1 精核的制备
20.4.2 基本方案2 去H1 的寡聚核小体的溶解和纯化
20.4.3 基本方案3 单聚及二聚核小体的纯化
20.4.4 基本方案4 羟磷灰石层析法纯化核心组蛋白
２０.５ 用盐透析的方法组装核小体模板
20.5.1 基本方案1 用逐步盐透析的方法组装核小体模板
20.5.2 基本方案2 用梯度盐透析的方法组装高浓度的单核小体
20.5.3 基本方案3 用梯度盐透析的方法组装核小体串
20.5.4 辅助方案1 细菌的重组核心组蛋白的纯化
20.5.5 辅助方案2 用于单核小体组装的单链5′端标记的DNA 的制备
20.5.6 辅助方案3 用于组装高浓度非标记的单核小体的DNA 的制备
20.5.7 辅助方案4 用于核小体串组装的DNA 的制备
20.5.8 辅助方案5 用琼脂糖凝胶电泳分析重建复合体
20.5.9 辅助方案6 用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析重建复合体
20.5.10 辅助方案7 通过EcoRI 消化确定G5E4 核小体串组装的范围
２０.６ 使用果蝇系统进行染色质重组
20.6.1 基本方案1 果蝇S-190 染色质重组抽提物的制备
20.6.2 基本方案2 从果蝇胚胎中纯化核心组蛋白
20.6.3 基本方案3 用S-190 抽提物进行染色质重组
20.6.4 基本方案4 重组的果蝇ACF 的表达和纯化
20.6.5 基本方案5 重组的果蝇NAP-1 的表达和纯化
20.6.6 备择方案1 重组的果蝇NAP-1 的表达和纯化（NTA Surperflow树脂）
20.6.7 基本方案6 使用重组的果蝇因子进行染色质装配
20.6.8 备择方案2 重组染色质装配反应中的核心组蛋白与DNA 比率的滴定
20.6.9 辅助方案 果蝇拓扑异构酶I 的核心催化区域的表达和纯化
第21 章 核酸阵列
２１.１ 核酸阵列概述
21.1.1 微阵列擅长做什么？
21.1.2 核酸阵列还能够做什么？
21.1.3 关于数据分析
21.1.4 哪里有更多的信息？
２１.２ 用于表达分析的mRNA 的制备
21.2.1 策略安排
21.2.2 基本方案 用于表达监测以及与寡核苷酸芯片杂交的mRNA 扩增
21.2.3 辅助方案1 对照基因的体外转录和转录库的制备
21.2.4 备择方案 cDNA 和体外转录产物的固相可逆固定（SPRI） 纯化
21.2.5 辅助方案2 cDNA 定量
２１.３ 用cDNA 阵列技术检测人的基因表达谱
21.3.1 基本方案1 cDNA 扩增和影印
21.3.2 基本方案2 RNA 抽提和标记
21.3.3 基本方案3 杂交和数据处理
21.3.4 辅助方案1 EST 的琼脂糖凝胶电泳
21.3.5 辅助方案2 荧光法测定DNA 浓度
21.3.6 辅助方案3 多聚赖氨酸封闭玻片
第22 章 组合文库的建立和使用
２２.１ 构建组合库及文库所用的DNA 库的设计、合成和扩增
22.1.1 基本方案1 随机序列库的纯化
22.1.2 辅助方案1 库的复杂度的测定
22.1.3 辅助方案2 库的偏好性的测定
22.1.4 辅助方案3 库扩增的小规模PCR 反应的优化
22.1.5 基本方案2 库DNA 的大规模扩增
２２.２ 肽适配体： 用于细胞过程的正向及反向分析的显性遗传学试剂
22.2.1 基本方案1 构建硫氧还蛋白肽适配体组合库
22.2.2 基本方案2 利用双杂交系统相互作用阱／筛选特定蛋白的肽适配体
22.2.3 基本方案3 通过相互作用交配确定识别特异性
22.2.4 基本方案4 肽适配体的亲和力成熟
22.2.5 基本方案5 用肽适配体正向分析细胞过程
22.2.6 辅助方案 肽适配体靶点的鉴定
２２.３ 利用mRNA 显示法进行蛋白质筛选
22.3.1 基本方案1 制备和纯化mRNA 显示蛋白
22.3.2 基本方案2 mRNA 显示蛋白的纯化和逆转录
22.3.3 基本方案3 mRNA 显示蛋白的筛选与扩增
22.3.4 辅助方案1 FLAG 标签的纯化
22.3.5 辅助方案2 诱导突变PCR
第23 章 单个细胞或一群细胞间差异表达基因的发现和分析
２３.１ 差减cDNA 文库的建立
基本方案 差减cDNA 文库的构建
２３.２ 基于PCR 的差减cDNA 克隆
23.2.1 基本方案 差减cDNA 文库的构建
23.2.2 辅助方案 狭缝斑点杂交监测差减过程
２３.３ mRNA 的PCR 差异显示
基本方案 mRNA 的PCR 差异显示
２３.４ 限制性内切核酸酶介导的差异显示（RMDD）
23.4.1 基本方案 RMDD 文库的准备和两轮扩增
23.4.2 备择方案 两阶段PCR 扩增
23.4.3 辅助方案 直接印迹电泳
２３.５ 基于AFLP 的转录表达谱分析
基本方案 基于AFLP 的转录表达谱分析
２３.６ 基因表达系列分析（SAGE）
23.6.1 基本方案 基因表达系列分析（SAGE）
23.6.2 辅助方案1 PCR 验证cDNA 产物
23.6.3 辅助方案2 优化双标签的PCR 扩增
附录1 试剂和溶液
附录2 实用测量值和数据
附录3 生物化学和分子生物学常用技术
附录３A 凝胶和印迹实验中放射性标记蛋白和DNA 的检测及定量
附录３B 玻璃器皿的硅化
附录３C 透析与超滤
附录３D 用吸收光谱法和荧光光谱法定量DNA 和RNA
附录３E 通过沉默突变引入限制性内切核酸酶识别位点
附录３F 哺乳动物细胞组织培养技术
附录３G 安全使用放射性同位素
附录３ H 分子生物学家的统计学： 组比较
附录4 试剂和设备的供应商
附录5 参考文献
索 引
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