新疆分院成立于1957年7月30日，作为中国科学院在少数民族地区设立的唯一一所分院，具有重要的战略意义。创立之初，新疆分院即定位为新疆的经济、社会、科技发展服务。在中央、中科院党组和自治区党委的亲切关怀下，经过半个世纪的锐意进取、开拓创新，现已成为自治区重要的综合性科学研究基地和高级人才培养基地，为新疆民族团结、社会稳定和繁荣发展提供了有力的科技支撑。
历史沿革
一、分院筹建期(1957.7—1960.4)
新疆维吾尔自治区成立后不久，在时任
新疆维吾尔自治区人民委员会主席包尔汉·沙赫德拉同志的倡议下，新疆维吾尔自治区人民委员会于1955年12月26日致函中国科学院，建议成立中国科学院新疆分院。
1956年2月25日，中国科学院复函给自治区，表示同意成立新疆分院。
1958年9月16日，新疆维吾尔自治区党委结合本地经济建设的需求，批准新疆分院筹委会建立石油、地质、冶金、化学、物理等5个研究所。后经整合合并，新疆分院筹委会计划建立的科研机构共14个。
1960年4月1日，经中国科学院第二次院务会议通过并报经国家科委批准，中国科学院新疆分院正式成立。新疆分院第一任院长由
包尔汉担任，副院长由
涂治、王汉兴、方明和谷苞担任，秘书长由哈琳担任。
二、科研起步期(1960.4—1966.5)
1962年以后，中国科学院开始撤销省级分院，建立六个大区分院。新疆分院作为唯一建立在少数民族自治区的分院，在中国科学院精简省级分院中被保留下来，接受新成立的中国科学院西北分院和新疆维吾尔自治区的双重领导。
1962年8月，自治区党委决定自治区科委、科协和中国科学院新疆分院三个领导机关行政上合署办公，统称“三科”机关，党的工作由“科学党组”(又称“三科党组”)统一领导。
1965年7月19日，经中国科学院西北分院同意，新疆分院成立地质地理研究所，并将水土生物资源综合研究所该名为生物土壤研究所。
四、恢复调整期(1977.11—1998)
1977年10月30日，新疆维吾尔自治区党委致函中国科学院，应当恢复新疆分院。11月27日，党中央、国务院正式批文，同意新疆分院自1978年3月1日起恢复。
1978年9月29日，恢复了中国科学院新疆物理研究所、中国科学院新疆化学研究所、中国科学院新疆生物土壤沙漠研究所、中国科学院乌鲁木齐人造卫星观测站、科学仪器厂、图书馆七个院属业务单位。
1985年4月10日，中国科学院下发文件，明确要求设在新疆的研究机构和中国科学院院所两级领导体制一致，新疆分院作为中国科学院派出机构，代表中国科学院院领导设在新疆的研究机构。
1987年10月26日，中国科学院正式批准“中国科学院乌鲁木齐人造卫星观测站”更名为“中国科学院乌鲁木齐天文站”。
1995年，物理所行政管理改革初步实现了管理与服务职能分离，中层干部全部实行了“聘任制”，管理部门按任务、职务、目标重新定岗，完成了职员套改。
五、创新发展期（1998-2010）
1999年，乌鲁木齐天文站与中国科学院其它天文台站一起首批进入中国科学院知识创新工程试点单位。
2001年，中国科学院国家天文台成立，
乌鲁木齐天文站改名为“中国科学院国家天文台乌鲁木齐天文站”。
2002年3月28日，中国科学院新疆理化技术研究所(以下简称新疆理化技术研究所)在两所合并重组的基础上挂牌成立。
六、“创新2020”“率先行动”期（2010—）
2010年4月21日，中国科学院召开全院视频会议，时任院长、党组书记
路甬祥就中科院实施“创新2020”提出要求，下半年启动试点，2011年全面实施。
2013年7月17日，习近平总书记视察中科院并发表重要讲话，充分肯定了我院60多年来的创新成就。
下设机构
中科院新疆分院系统包括4个独立法人单位，即中科院新疆分院机关、新疆生态与地理研究所、新疆理化技术研究所、新疆天文台。
科研平台
新疆分院现有国家级重点实验室2个（含培育），自治区重点实验室11个，国家工程研究中心1个，国家工程技术研究中心1个，自治区工程技术研究中心5个，国家级科普教育基地2个，海外研究基地2个，野外台站34个(其中国家级3个、中科院级2个、境外18个)。
学科建设
新疆分院现有博士后流动（工作）站6个，博士学位授予点15个，硕士学位授予点23个；在读研究生860人，其中博士研究生479人，硕士研究生381人；拥有一级学科7个，二级学科24个。
工作成就
分院系统现有在职职工953人，科技人员671人，其中高级科技人员208人；鉴定科技成果1000余项，获得国家、中国科学院、自治区和其他部委奖近300项，还有2项获联合国UNEP荒漠化治理业绩奖。
国际交流
现有
博士学位点1个，
硕士点14个，联合培养博士50余人，培养硕士300余人；出版专著200余本，公开发表论文4000余篇；和30多个国家建立了科技交流关系，承担了40多个国际合作课题；130余人进入高科技企业，科技企业为新疆
高新技术产业发展做出了重要贡献。
分院系统仪器设备价值5000余万元，地区共用大型仪器设备8台。
西部大开发
近年来，以
江泽民总书记为核心的党中央做出了加快我国西部地区开发的重大战略决策，为西部地区的发展创造了前所未有的机遇；中国科学院启动
知识创新工程；2002年又提出新时期的办院方针。根据中科院的要求，新疆分院系统已经完成学科整合和专业凝练进入知识创新工程。结合新疆经济发展的需求，新疆分院系统将在以下几个方面重点开展工作：
――利用现代化手段进行干旱区的资源、环境生态综合数据平台的建设，并把它作为西部开发的基础性工作。
――西部干旱区生态环境演变趋势和预测，绿洲形成和绿洲生态结构及其稳定性，退化生态系统的重建和生态安全系统的设计。
――干旱区水系统循环过程数据收集、动态监测和合理利用设计，并在此基础上建立以水资源合理利用和节水技术结合为技术主体的流域
生态农业区、荒漠生态农业区示范基地。
――以
石油为主体的
能源资源开发中的强化开采技术及相关的油田化学产品的研究和产业化。
――石油天然气化工新技术和新产品，BTX凝析油中试和产业化。
――干旱区生物资源的有效成分的研究，提取方法研究，深加工和产业化技术。
――创新的生物
化学制品，耐旱、耐盐碱的生物资源的功能基因的研究，及这些优势基因向
农作物的转移和新品种选育。
――以高分子化学方法，进行新疆优势农副产品的二次三次加工，例如糖酯系列化
表面活性剂的开发和应用。
――
太阳能和太阳能次生能源的利用及储存，以及相应的新材料研究。
――电子信息技术和新材料在传统产业和新产业中的应用
计算机网络信息系统及INTERNET在国民经济中的应用。
――建立高层次人才培养的基地，培养生态科学、环境科学信息科学和生物化学方面的人才。
――组织科普宣传专家组，建设高水平的科普基地。
――以多种形式加大院地合作的广度和力度。包括科技项目合作、科技成果产业化和科技副职的选派。
通过以上工作的实施，新疆分院系统将为新疆的国民经济发展，特别是农业、能源、新兴产业的发展做出基础性、创新性、前瞻性的贡献。
研究领域
围绕中科院“率先行动”计划，结合新疆实际，不断凝练与提升科技创新目标，形成了十二个特色研究领域和方向：绿洲生态与绿洲农业，荒漠环境与生态修复，干旱区生物多样性，中亚成矿域与地质成矿，中亚自然资源与生态环境；资源化学、材料物理与化学、多语种信息技术、环境工程与技术；射电天文与技术、光学天文与技术应用、应用天文。
区域经济贡献
进行了长期的水土资源、环境、生态的综合科学研究，掌握了新疆大量的科学基础资料，为国家和自治区制订长远经济发展规划，提供了科学依据。
在荒漠环境的演变研究、荒漠化治理取得重大突破，在防治风沙危害、恢复植被，生态系统的恢复和再造上取得阶段性重要成果。
在重大工程的前期工作研究中，如塔河治理、石油开发、北水南调、生态建设、铁路、沙漠公路等工程中提供了科学依据，并利用高技术手段直接参与工程设计和环境改造。
在土地盐碱化防治，以及以水肥调控为中心的优质高产生态农业建设取得重要成果，支持了农牧民脱贫致富，为实现干旱绿洲经济的良性循环开辟了途径。创造了棉花连续3年237、257、256公斤的世界记录。
在三次采油和天然气轻质成分的深加工和利用方面进入工业化试验阶段，并进入知识资本操作。
天然产物化学，在药物中间体、保健品、化妆品领域，进入中间试验和小批量生产，逐步进入市场。
成功地将大赖草基因导入小麦——大穗小麦新种。
电子材料的辐射物理研究，电路和系统抗核加固，资源卫星加固器件应用，实践5号剂量测量应用。
NTC陶瓷热敏元件，纳米材料制备技术研究、器件开发、中试，进入产业化，成为航天定点器件，应用于神州1号至6号等多种航天器，大批量进入于国内大型企业。
信息技术——网络、控制、安全技术、MIS的综合优胜，进入石油、钢铁、机械、民航、医疗、商业、银行等领域。
VLBI成为欧洲网、亚太网联测的重要成员。脉冲星观测的成果有学术界公认的新发现。
高新技术产业有了很大进步，每个企业基本实现了技术含量高、效益高的发展目标，都有创新技术产品，改制工作基本完成。
两个国家级科普教育基地，在宣传科学和唯物主义，破除迷信，提高各民族素质方面发挥了重要作用。
院地合作
新疆分院高度重视与地方的合作，在加强战略研究，提高决策水平；共建研发平台，提升自治区区域创新能力；应用高新技术，推进构建现代产业体系；改善生态环境，推动农业现代化进程；加强人才培养，促进人员交流；加强科普工作,实施全民科技素质行动计划纲要等六个方面建立了多层次、宽领域、全方位的科技合作关系，进一步丰富了院区合作内涵，拓展了合作领域，为新疆产业发展和经济增长提供了有力的科技支撑。
机构领导
现任领导
新疆分院纪检组组长、分党组成员：冯涛
历任领导
历任院长：初期筹委会主任委员 包尔汉·沙赫德拉(1957.7-1959.10)
调整后筹委会主任委员 包尔汉·沙赫德拉 (1957.7-1959.10)
分院院长 包尔汉(1966.5-1970.5)
院长 哈 琳 (1979.12-1984.8)
院长 滕庭康(1988.9-1991.7)
院长 滕庭康(1991.7-1993.4)
院长 程秉钧(1993.4-1997.11)
院长 周俊林(1997.6-2005.10)