中国科学院沈阳应用生态研究所（Shenyang Institute of Applied Ecology, Chinese Academy of Sciences）成立于1954年10月15日，其前身为中国科学院林业土壤研究所，1987年更为现名，2001年被正式批准为中科院国家知识创新工程试点单位，2015年进入中科院“特色研究所”首批试点。
历史沿革
1953年，中国科学院在哈尔滨成立了林业研究所筹备处,以合理开发利用东北地区的森林资源，维护地区生态平衡。
1954年10月，为适应东北地区经济建设的需要，由中国科学院林业研究所筹备处、东北土壤研究所筹备处和长春综合研究所农产化学研究室微生物部分合并成立了中国科学院林业土壤研究所。
1962年7月，中共中科院党组扩大会议决定，林土所下放归东北分院领导，人员编制及经费等纳入分院计划，由中科院分配指标。
1970年7月15日，林土所下放辽宁省，暂由省科技局领导。当时的辽宁革命委员会副主任毛远新提出按照朝阳农学院搬出城市，插队落户搞科研的模式改造林土所。为避免重蹈朝阳农学院的覆辙，在斗批改中根据当时省科技局意见，在上报给省革委会报告中提出把林土所办成以微生物学为重点的应用生物研究所。
1971年4月8日，林土所归属省农业局领导，后改名为辽宁省林业土壤研究所。
1978年3月1日，辽宁省林业土壤研究所改由中国科学院和辽宁省双重领导。
1987年10月27日，研究更名为“中国科学院沈阳应用生态研究所”。
1998年，中国科学院沈阳应用生态研究所步入中国科学院基地型研究所行列。
2001年7月2日，中国科学院沈阳应用生态研究所被正式批准为国家知识创新工程试点单位。
2010年，沈阳生态所根据中国科学院“创新2020”总体部署，制定了研究所“一三五”规划。
2015年，按照中国科学院“率先行动”计划的要求和研究所分类改革的统一部署，沈阳生态所成功入选中国科学院“特色研究所”首批试点研究所，进入新的历史发展时期。
2018年10月，被评为全国中小学生研学实践教育基地。
科研条件
人员编制
截至2015年年末，中国科学院沈阳生态所共有在职职工392人，其中科技人员和科技支撑人员292人，包括研究员及正高级工程技术人员69人，副研究员及高级工程技术人员95人。沈阳生态所拥有国家“万人计划”入选者1人，中国科学院 “百人计划”入选者12人；国家杰出青年科学基金获得者2人，国家优秀青年基金获得者3人；国家重点基础研究发展计划（973项目）首席科学家2人，青年973项目首席科学家1人；国家级新世纪百千万人才工程入选者4人。此外，沈阳生态所拥有农业部农业科研杰出人才及其创新团队1个，中国科学院创新交叉团队1个。
韩士杰、
张旭东、崔敏龙、
朱教君、
贾永锋、方运霆、杨健、白娥、谢凌天、
郝广友、赵青、张雪娇
中国科学院国家外专局创新国际团队：“东北典型生态系统碳、氮、水循环与耦合机制”创新团队
农业部农业科研杰出人才及其创新团队：“环保型高效肥料研制与应用”创新团队
中国科学院科技创新交叉与合作团队：北方森林火干扰跨尺度研究团队
科研部门
截至2015年年末，中国科学院沈阳应用生态研究所有国家重点实验室2个，中国科学院重点实验室1个，辽宁省级重点实验室4个，辽宁省级工程技术中心1个；此外设有森林生态与林业生态工程研究中心、土壤生态与农业生态工程研究中心、景观生态与区域规划研究中心、污染生态与环境生态工程研究中心、生物资源与生物技术研究中心5个研究中心。
国家重点实验室（2个）：国家森林与土壤生态重点实验室、土壤养分管理国家工程实验室（共建）
中国科学院重点实验室（1个）：中国科学院污染生态与环境工程重点实验室
辽宁省级重点实验室（4个）：辽宁省陆地生态过程与区域生态安全重点实验室、辽宁省生态公益林重点实验室、辽宁省植物资源与利用重点实验室、辽宁省土壤环境质量与农产品安全重点实验室
辽宁省级工程技术中心（1个）：辽宁省肥料工程技术中心
设备资源
截至2015年年末，中国科学院沈阳应用生态研究所主要有MAT253同位素质谱仪、Delta plus XP稳定同位素比率质谱仪、Quantum XLS气相色谱-串级质谱联用仪、液相色谱-串级质谱仪TSQ Access Max、电感耦合等离子体光谱仪（ICP-Mass）、Thermo fisher U3000超高效液相色谱仪、Thermo ITQ 1100™ GC/MS离子阱气质联用仪、Picarro 碳同位素分析仪、DELTA plus XP稳定同位素比例质谱仪、MAT253稳定同位素比例质谱仪（双路）、MAT 253 稳定同位素比例质谱仪、紫外可见近红外分光光度计、荧光定量PCR仪、凝胶成像系统、傅立叶红外光谱仪、环境扫描电镜、液相色谱-三重四级杆串联质谱仪、液相色谱质谱联用仪、高效液相色谱仪、气相色谱串联质谱联用仪、气相色谱仪2、离子色谱仪、氨基酸分析仪、原子吸收光谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、气相色谱质谱联用仪、稳定同位素比例质谱仪、元素分析仪等仪器设备。
交流合作
截至2015年年末，中国科学院沈阳应用生态研究所与
美国、
英国、
德国、
比利时、
俄罗斯、
瑞士、
日本等国家的众多高水平大学和科研机构开展卓有成效的合作研究与学术交流，与中国国内知名高校和相关企业建立了合作关系。
科研成就
科技成果
自1954年建所以来，中国科学院沈阳应用生态研究所共获得科技成果510项，其中：国家奖30项，省部级奖188项。据院规划战略局发布的监测数据反馈报告（2010.04）：“与2004年相比，全院及资环组高质量论文整体呈稳步增长，沈阳应用生态所高质量论文呈持续较大增长趋势”。在Journal of Ecology、Global Change Biology、Journal of Geophysical Research、Agriculture & Forest Meteorology、Soil Biology & Biochemistry、Journal of Agricultural & Food Chemistry、Environmental Science & Technology、Geochimica et Cosmochimica Acta等生态、环境和农业领域有重要影响的国际期刊上发文量持续增多。
据中国科学技术信息研究所“中国科技论文统计结果”排名，2008年沈阳生态所在环境科学类SCI论文高产机构排名（含国内大学及研究机构）中位列第14位，MEDLINE收录论文位列国内研究机构的第16位，国内论文数位列全国研究机构的第18位，国内论文被引用次数（3124次）位列全国研究机构的第8位。
沈阳生态所知识产权获取情况
沈阳生态所国家和省部级科技奖励明细
学术期刊
《生态学杂志》（月刊）是中国科学技术协会主管、中国生态学学会主办、中国科学院沈阳应用生态研究所承办的综合性学术期刊，创刊于1982年，由科学出版社出版。主要刊登生态学领域有创造性，立论科学、正确、充分，有较高学术价值的论文，反映我国生态学的学术水平和发展方向，报道生态学的科研成果与科研进展，跟踪学科发展前沿，促进国内外学术交流与合作。
《应用生态学报》（月刊）是中国科学院主管、中国生态学学会和中国科学院沈阳应用生态研究所联合主办的综合性学术期刊，创刊于1990年，由科学出版社出版。该刊主要报道应用生态学领域的创新性科研成果与科研进展，反映我国应用生态学的学术水平和发展方向，跟踪学科发展前沿，注重理论与应用结合，促进国内外学术交流合作与人才培养。
人才培养
学科建设
中国科学院沈阳应用生态研究所为1981年国务院学位委员会首批批准的博士学位点。根据2014年底，中国科学院沈阳应用生态研究所已有4个博士学位点和6个学术型硕士学位点及2个专业学位点。设有2个一级学科博士后流动站，包括生态学、微生物学、土壤学3个专业站点。
一级学科硕士学位点：生态学、农业资源与环境
二级学科硕士学位点：微生物学、
植物学、环境科学、
森林培育学博士后流动站：生态学、农业资源与环境
教学建设
据2016年5月研究所官网显示，中国科学院沈阳应用生态研究所有在读研究生340人，其中博士生170人、硕士生170人，有在站博士后25人。
研究生奖助学金发放标准
文化传统
形象标识
中国科学院沈阳应用生态研究所形象标识寓意
1.三个主色调为绿色但依次渐深、呈“S”形状的图案象征三片树叶，一条土黄色的弧线象征着大地，因此该标志主体构图象征着构建健康、绿色、和谐的生态系统，即该所的科研目标。
2.三片绿色的树叶分别代表该所森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程、污染生态与环境生态工程三个研究领域及学科方向；三片树叶共同构成的图案，是英文“E”的变形，代表着三个研究方向相互融合、渗透，共同围绕生态学（Ecology）这个主学科开展科学研究；
3.三片树叶共同构成的图案形似一枚火炬，因此主体构图又象征着从地平线上冉冉升起一枚火炬，表达了该所夯实基础、稳扎稳打、团结协作、奋发向上，争创世界一流生态学科研机构的坚定信念。
文化活动
2015年7月2日，所工会科技财务支撑分会和农业支会联合组织开展了现代农业技术考察活动，赴沈阳市东陵区祝家沙地沟大杏生产基地进行参观交流。
2015年6月9日，中国科学院沈阳应用生态研究所农业与科技财务支撑两党支部与其工会分会联合组织前往沈阳市残疾人联合会开展助残活动。
2014年6月26日，所工会科技财务支撑分会、农业分会联合党支部开展了现代农业技术考察活动，赴沈阳市源盛树莓种苗繁育中心——省级树莓现代农业示范基地进行参观交流。
2014年6月19日，科技财务支撑党支部与综合办人教党支部赴铁岭市西丰县联合开展“迎七一，送科技”社会实践活动。
机构领导
现任领导
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历任领导
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