第二代支付系统是我国最重要的金融基础设施之一，它包括大额实时支付系统、小额批量支付系统、网上支付跨行清算系统、支票影像交换系统、境内外币支付系统、电子商业汇票系统、行名行号管理系统、业务监控系统以及统计分析系统等多个子系统。
意义
2013年10月6日，第二代支付系统在全国正式投产运行。第二代支付系统是
中国人民银行立足第一代支付系统的成功经验，引入先进的支付清算
管理理念和
技术，建设的全国统一的中央银行支付清算服务平台。第二代支付系统适应新兴
电子支付发展、面向参与者管理需要、功能更完善、架构更合理、技术更先进、管理更简便，其核心是清算账户
管理系统，业务应用系统包括
大额支付系统、
小额支付系统和
网上支付跨行清算系统，辅助支持系统包括公共控制管理系统和支付
管理信息系统。
特征
1.统一第一代系统分散的接入渠道
第二代系统在
信息传输方面采用类似于
SWIFT的传输渠道， 信息传输和业务处理相分离，所有参与机构接入到公共信息传输平台，业务信息经公共信息传输平台清分后， 分别提交大额、小额、网银三个应用系统处理， 多个参与机构可以通过一个前置机接入支付系统。
2.调整国家处理中心和城市处理中心的功能定位
引入接入云概念，全国32个城市处理中心(以下简称CCPC)仅仅作为参与机构接入第二代系统的物理接入节点，进行最基本的报文格式检查，不再具备第一代系统的
轧差、管理和数据存储功能．各CCPC可以互为备份。所有轧差、数据存储和管理功能均集中到了国家处理中心(以下简称NPC)，时序、权限和参数管理也由位于NPC的公共控制管理系统进行。
3.各个业务应用系统相互独立
第二代系统解除了大额系统和清算账户系统的绑定关系，以及小额系统和轧差服务器的内嵌关系，清算账户系统直接为大额 小额和网银系统提供资金结算服务，小额和网银系统无需通过失额系统提交轧差净额，轧差服务器从小额系统中分离出来，为小额和同银系统管理净借记限额和提供轧差服务，因此，大额、小额和网银三个应用系统相互独立，可分别运行。
4.提供多边轧整净额结算模式
除了支持各种贷记，借记、即时转账业务外，第二代系统还开发了多边轧差净额结算模式，能为支付清算组织提交的一揽子参与机构多边轧差净颧提供资金结算服务．正如
欧元区大额支付系统Target2， 为
证券交易，零售支付和
货币市场等
金融市场支付清算系统提交的多边轧差净额业务完成参与机构资金账户的最终结算。
“款款对付”结算简称PvP结算，是指不同币种资金同步进行交收并互为交收条件的
结算方式，一直被视为外汇交易结算系统应该实现的最重要功能之一。第二代系统设计了PvP结算的完整流程，通过
大额支付系统，外汇交易清算系统和结算银行的同步处理，本、
外币两笔即时转账业务将分别完成外汇交易中本币和外币的资金转账处理，避免了外汇交易的
本金风险。
6.启用多种排队业务解救机制
一是不仅为小额排队业务提供撮合功能，还为大额排队业务设计了日间双边撮合和业务截止多边撮合机制，只要排队业务符合撮合条件，即可解救因账户余额不足导致的排队队列；二是为在央行开立多个清算账户的法人银行提供了“
资金池”管理功能，当
分支机构清算账户因缺乏
头寸而出现排队业务时，系统依据法人银行事先
授权自动将资金从法人银行调入分支机构账户解救排队业务；三是为不同法人银行提供自动拆借功能，当法人银行头寸不足支付时，系统依据法人银行事先签订的拆借协议，启动法人银行之间的
资金拆借功能，化解
流动性风险，确保当日不能解退的轧差净额清算业务完成琏终结算。
7.提供各类账户查询功能
法人银行可于当日查询所有分支机构清算账户的余额、
可用头寸，预期头寸，还可以查询其在人民银行非清算账户的余额信息；分支机构则可查询自身清算账户和在人民银行开设的非清算账户的有关
信息。此外，与第二代支付系统同步上线的中央银行会计核算数据集中系统还为银行机构设计了
零余额账户管理功能，有利于法人银行清算账户和非清算账户资金的集中归并和使用。
适应跨境和创新业务的发展。为适应跨境业务的发展趋势，拓展跨境业务种类，划分为资本项下跨境支付和退款．腽务贸易结算和退款，货物贸易结算和退款等支付种类，报文采用ISO20022标准并支持英文填写。小额系统票据截留业务增加丁
银行汇票、
商业汇票、
银行本票等种类，能支撑各娄
票据的影像信息传递和
资金结算。第二代系统还做强了非金融支付服务组织的支付业务功能，为集中代收付中心开辟了实时代收、实时代付业务功能， 增加了协议信息验证功能，统一了协议核验要素。
8.全面改进参与机构服务体验
人民银行发起的涉及银行机构清算账户资金变动的单边、错账冲正和同城轧差净额业务，均会通知该参与机构 特许参与者发出的即时转账、多边轧差净额业务如遇排趴情形，也舍及时通知缺款行，方便其筹措资金。此外，所有涉及清算账户的维护信息都会通知到清算账户所属的银行机构。
主要影响
1.节约参与机构的接入成本
参与机构只需开发集中大额、小额、
网银功能的单一接口或摆放一台前置机，即可接入央行系统办理各类支付业务，大大节约了设备等同定资本投人。尤其是多家参与机构行内系统通过共享前置接入第二代支付系统的方式，为农村金融机构低成本接入支付系统创造了有利条件。NPC功能的集中和CCPC功能的弱化，可以方便参与机构就近接入支付系统，也为参与机构在主接入点故障情形下，随时切换到备份接人点奠定了基础，数据的集中存储和业务的集中处理也有利于备份系统的集中和建设但是，“鸡蛋放于同一篮中”虽方便了管理，也凸显了备份系统同步建设的重要性。
第一代系统中，由于人民银行会计核算系统是接入大额系统，并通过大额系统向清算账户系统提交参与机构开户、
销户指令以及资金支付指令，而轧差服务器镶嵌于小额系统，因此参与机构加入小额和网银系统的前提是必须加入大额系统，退出大额系统前必须先退出小额和网银系统，加入网银系统的前提是必须加入小额系统，退出小额系统前则必须先退出网银系统。在第二代系统架构中，由于大额，小额和网银系统的相互独立，会计核算系统直接接入清算账户管理系统，提交参与机构开户、销户指令和资金支付指令，因此参与机构可依据自身业务需要加入或退出上述任一应用系统。
3.提高中央对手方交易的资盒结算效率
各类支付清算组织例如
银联，中证登、
上海清算所等盒融市场
中央对手方(Central Counter Party， 简称CCP)可以通过
大额支付系统提交多边轧差净额业务， 改变了原来将多边轧差净额业务拆成多笔以自身为其中记账方的即时转账业务提交大额支付系统完成资金结算的方式，这种国际上中央对手方普遍采用的清算模式，有利于提高资金结算的
效率，降低资金结算风险．也有利于中央银行及时主动掌握金融市场资金交易状况。
4.加速外汇交易后台集中清算的进程
目前．我国
外汇交易市场的场外询价交易和场内竟价交易，均未实现PvP结算。无论作询价交易清算的外汇交易中心，还是作竟价交易集中清算的上海清算所均面临不同程度的
汇率风险和本垒风险。第二代系统设计的PvP结算功能， 能极大地降低外汇交易清算和结算环节的风险， 提高外交易的结算效率．助力外汇交易中心将众多分散的询价交易纳入到集中清算系统中， 从而对外汇交易市场产生深远影响。外汇交易采用PvP结算模式，以及
大宗交易使用央行货币进行结算，也有助于提升
国际清算银行和
国际货币基金组织对我国
金融体系稳健性的总体评估，在扩大外市场交易规模的同时．有利于央行对外汇交易总体情况的及时把握和
宏观调控。
第二代系统提供的多种
流动性管理功能，有助于银行机构了解其在央行开立的所有账户余额情况，盘括祛人银行所有
流动资金，及时完成日间支付，提高资金使用效率，避免因
信息失灵带来的流动性风险。由于这些功能大部分是系统根据事先设置自动触发的，有的是方便法人银行知晓头寸的功能，因此在提高支付清算效率的同时，还降低了银行机构管理流动性的成本，促进了支付行业整体服务水平和服务效率的提高提高支付服务
国际竞争力。使用
国际标准的第二代系统报文能够在大额系统和SWIFT等跨境系统间自动转接和传输， 有利于银行办理跨境业务的联机处理。第二代系统运行时序的参数化设置和调整则扫除了跨境支付的时区障碍，为全无候办理跨境支付的最终结算奠定了基础。代收付业务的服务拓展和核验统一，提高了代收付业务处理效率，探化了区域乃至全国代收付业务的开展，有利于支付
服务市场的细分， 促进支付服务市场向专业化、多元化和
市场化方向发展。